آنالیز داده های ترانسکریپتوم زعفران در راستای بیان ژن های دخیل در مسیر بیوسنتزی فنیل پروپانویید

سال انتشار: 1397
محل انتشار: زیست فناوری گیاهان دارویی، دوره: 4، شماره: 2
کد COI اختصاصی: JR_JMPBZ-4-2_008
زبان مقاله: فارسی
تعداد مشاهده: 201

نویسندگان

گروه بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده علوم و فناوری های زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران

چکیده

زعفران امروزه به عنوان یک گیاه استراتژیک در کشاورزی محسوب میشود. این گیاه به عنوان گرانترین ادویه جهان شناخته می شود و علاوه بر خواص مختلف خوراکی از دیرباز در طب سنتی مورد استفاده قرار گرفته است. یکی از مهم ترین خواص دارویی زعفران برای جلوگیری و درمان سرطان است. در این مطالعه ابتدا داده های ترانسکریپتوم از سایت NCBI Short read archive دانلود شدند. داده ها شامل پنج بافت کلاله، گلبرگ، برگ، پیاز و پرچم بودند. کنترل کیفی داده ها توسط نرم افزار FastQC و Trimmomatic انجام شده و بعد از آن اسمبلی خوانش ها صورت گرفت. پیش بینی ژنها توسط نرم افزار Trinity صورت گرفت. بیان ژنها با استفاده از نرم افزار RSEM سنجیده شده و با استفاده از دادهای موجود در مقالات ژنهای ضد سرطان در مسیر بیوسنتز فنیل پروپانویید با استفاده از مشابهت توالی های میان آن ها و ژنهای ساخته شده توسط Trinity با نرم افزار BLASTx مورد بررسی قرار گرفتند. از میان ژنهای موجود در مسیر بیوسنتز فنیل پروپانویید در این مطالعه، برای اولین بار ژن CAD۱ که کد کننده آنزیم Cinnamaldhyde است، شناسایی شد، این آنزیم در مسیرهای مختلف باعث جلوگیری از سرطان یا فعالیت تومور زایی می شود. در بررسی بیان این ژن مشخص شد که این ژن بیشترین بیان را در بافت های گلبرگ و کلاله دارد و کلاله این گیاه علاوه بر خواص ادویه آن می تواند به عنوان یک داروی ضد سرطان هم استفاده شود.

کلیدواژه ها

زعفران, ترانسکریپتوم, ژن, مسیر بیوسنتزی

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.