آنالیز بیوانفورماتیکی پروفایل های بیان افتراقی ژنی مرتبط با استرس گرمایی در سه بافت مغز، کبد و ماهیچه ران جوجه های گوشتی مبتنی بر تکنیک ریزآرایه
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 54، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_IJAS-54-3_001
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 116
نویسندگان
گروه علوم پایه، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران
گروه مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران
گروه مهندسی علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش، اهواز، ایران
گروه مهندسی علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران.
موسسه تحقیقات کشاورزی، غذا و علوم زیستی، هیلزبرا، انگلستان و استادیار دانشگاه بلفست، بلفست، انگستان
چکیده
در صنعت پرورش طیور، استرس گرمایی ناشی از دمای بالای محیط، بر عملکرد حیوانات تاثیر منفی دارد و به یک چالش اساسی تبدیل شده است. آنالیز پروفایل ترانسکریپتوم داده ها و شناسایی الگوهای بیان افتراقی ژن در بافت های مرتبط می تواند در کشف سازوکارهای مولکولی مقاوم به استرس حرارتی نقش داشته باشد. در پژوهش حاضر، هدف اصلی استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم سه بافت مغز، کبد و ماهیچه ران دو دسته از جوجه های گوشتی گروه کنترل و گروه تحت استرس گرمایی، بمنظور شناسایی ژن های کاندیدای مرتبط با استرس گرمایی است. در تجزیه داده های ریزآرایه برای مقایسه بیان ژنی، ۶۵۷ ژن معنی دار (P< ۰.۰۵) استخراج شد که در مجموع ۹۴ ژن تفاوت بیانی معنی داری نشان دادند (FDR < ۰.۰۵, Fold change > ±۲). سپس با بررسی حاشیه نویسی ژن های مربوطه حاصل از آنالیز داده ها و مرور منابع و همچنین شبکه تعاملی پروتئین- پروتئین بازسازی شده، ژن های هاب شامل ژن های NSDHL، DHCR۲۴، LSS، FDPS، PCK۱، ACTA۱، HSP۹۰AA۱، HSPA۲، HSPB۱، HSF۱، CRYAB، APOB و IL۶ شناسایی شدند. بررسی نتایج حاشیه نویسی این ژن ها ثابت کرد که در فرآیند اصلی مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ مرتبط با سیستم حمل و نقل یونی، بیوسنتز استروئیدها، آنتی بادی ها و کلسترول، متابولیسم لیپیدها، عملکرد سیستم ایمنی بدن و مسیرهای سیگنالی مختلف مانند کیناز MAP، RET و ERK دارای نقش می باشند. در نهایت پژوهش حاضر می تواند افق جدیدی از شواهد را با در نظر گرفتن مسیرهای فعال شده توسط این ژن ها برای شناسایی ژن های موثر و درک بهتر فرآیندهای زیستی مرتبط با تنش گرمایی ارائه دهد.کلیدواژه ها
استرس گرمایی, بیان ژن, جوجه های گوشتی, ژن های هاب, سیستم بیولوژیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.