بررسی بیوانفورماتیکی برهم کنش پروتئین ملیتین با پروتئین P۲۴ ویروس های HIV و SIV
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: مجله دانشگاه علوم پزشکی مازندران، دوره: 32، شماره: 214
- کد COI اختصاصی: JR_JMUMS-32-214_015
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 188
نویسندگان
MSc in Microbiology, Shiraz HIV/AIDS Research Center, Institute of Health, Shiraz University of Medical Sciences, Shiraz, Iran
BSc in Biology, Shiraz HIV/AIDS Research Center, Institute of Health, Shiraz University of Medical Sciences, Shiraz, Iran
PhD in Virology, Shiraz HIV/AIDS Research Center, Institute of Health, Shiraz University of Medical Sciences, Shiraz, Iran
MSc in Microbiology, Shiraz HIV/AIDS Research Center, Institute of Health, Shiraz University of Medical Sciences, Shiraz, Iran
چکیده
سابقه و هدف: P۲۴ یکی از اجزای مهم کپسید رتروویروس ها می باشد. مطالعات متعددی اثر مهاری پروتئین ملیتین را بر روی عملکرد ویروس ایدز نشان داده اند. هدف این مطالعه بررسی تاثیر این پروتئین بر روی پروتئین P۲۴ در دو ویروس SIV (ویروس نقص ایمنی میمونی) و HIV (ویروس نقص ایمنی انسانی) با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی بود. مواد و روش ها: توالی های پروتئین P۲۴ دو ویروس SIV و HIV از بانک ژنی دریافت شد و سپس توسط نرم افزارهای متعددی ویژگی های آن بررسی شد. هم چنین تشابهات ساختاری پروتئین P۲۴ در SIV و HIV مورد مطالعه قرار گرفت و از آنالیز داکینیگ برای بررسی برهم کنش پروتئین های ملیتین و P۲۴ استفاده شد و پایداری نتایج داکینیک به روش دینامیک مولکولی تایید شدند. یافته ها: وجود جایگاه های متعدد فسفوریلاسیون، گلیکوزیلاسیون و پیوند دی سولفید در پروتئین P۲۴ مشاهده شد. نتایج داکینگ نشان دهنده امکان اتصال بالایی بین پروتئین P۲۴ هر دو ویروس و ملیتین بود. هم چنین تشابه بالای ساختار سوم پروتئین P۲۴ در دو ویروس مشخص شد. بررسی دینامیک مولکولی نشان دهنده پایداری مولکولی برهم کنش بین دو پروتئین ملیتین و P۲۴ بود. استنتاج: انرژی بالای اتصال بین ملیتین و پروتئین P۲۴ نشان دهنده امکان زیاد اتصال این دو پروتئین است که می تواند تعیین کننده اثر مهاری پروتئین ملیتین بر عملکرد ساختار کپسید هر دو ویروس باشد. بررسی تشابه ساختار سوم پروتئین P۲۴ در هر دو ویروس نیز نشان داد علی رغم وجود تفاوت بالا در توالی پروتئینی، آن ها ازلحاظ فولدینگ و ساختار فضایی بسیار مشابه هستند. استفاده از ملیتین در مهار عفونت های SIV در میمون ها می تواند به عنوان مدلی برای مهار ویروس HIV در انسان استفاده شود.کلیدواژه ها
HIV, SIV, melittin, bioinformatics, HIV, SIV, P۲۴, ملیتین, بیوانفورماتیکاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.