پویش کل ژنومی و تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی مرتبط با صفات پشم در گوسفندان نژاد زندی
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: فصلنامه تولیدات دامی، دوره: 25، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_JAP-25-3_001
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 62
نویسندگان
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران.
استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج، دانشگاه تهران. کرج، ایران.
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام، ایلام، ایران.
چکیده
هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات پشم از طریق پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر در گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور ۹۶ راس گوسفند با استفاده از آرایههای ۵۰K تعیین ژنوتیپ شدند و برای هر دام رکوردهای فنوتیپی شامل میانگین قطر الیاف، ضریب تغییرات قطر الیاف، نسبت الیافی که مساوی یا بیش تر از ۳۰ میکرومتر قطر الیاف، طول استاپل، نسبت کمپ و نسبت مو در الیاف اندازه گیری شد. ارزیابی پویش ژنومی برای صفات در نرمافزار GEMMA انجام شد، سپس با استفاده از بسته نرمافزاری biomaRt۲ ژنهای معنیداری که در داخل و یا ۵۰ کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنیدار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت، آنالیز غنیسازی مجموعههای ژنی به وسیله برنامه برخط KOBAS با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای کاندیدا انجام شد. در این پژوهش ژنهای مرتبط با صفات قطر الیاف CEP۲۹۰)، PRKCZ، TMTC۳، RHPN۲ و TNFSF۴)، طول استاپل (NLGN۱، SPHKAP و PLCE۱) و نسبت کمپ و مو (FAT۱ و PIK۳R۴) شناسایی شدند. در تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، تعداد ۲۱ مسیر با صفات پشم شناسایی شدند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی شده نقش مهمی در رشد و توسعه فولیکولهای مو، تولید کراتینوسیتها، رشد و توسعه اپیدرمال، سنتز آنزیمهای تروئونین کینازها و مسیر سیگنالدهی Wntداشتند. با توجه به تایید نتایج قبلی و شناسایی ژن های کاندیدای جدید با عملکرد مولکولی مرتبط با صفات الیاف پشم، نتایج این پژوهش میتواند در درک سازوکار ژنتیکی کنترل کننده صفات پشم مورد استفاده قرار گیرد و در انتخاب ژنتیکی گوسفند از طریق کیفیت بالاتر پشم مفید باشد.کلیدواژه ها
آنالیز مسیر, پویش ژنومی, ژن کاندیدا, کیفیت الیاف, گوسفند زندیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.