بررسی یک الگوریتم موازی برای مسئلهی بهترین میزان سازی نابرابریهای k
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: بیستمین کنفرانس ملی علوم و مهندسی کامپیوتر و فناوری اطلاعات
- کد COI اختصاصی: CECCONF20_040
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 101
نویسندگان
عضو هیئت علمی دانشگاه آزاد ایرانشهر
عضو هیئت علمی دانشگاه آزاد ایرانشهر
دانشجوی دانشگاه آزاد ایرانشهر
چکیده
ما الگوریتمی موازی را مورد پیشنهاد قرار میدهیم که بهترین مسئلهی میزان سازی نابرابریهای k را با استفاده از الگوی "یک دنباله/فرآیندهای چندگانه" و حافظهی گسترده در برابر یک ارجاع ژنومی حل مینماید. پیشنهاد ما با این هدف طراحی گردیده است که بتواند با استفاده از MPI (واسط گذردهی پیام) برای ارتباطات از یک خوشهی پردازش بهره برد. راهکار ما این ارجاع را در میان گرههای مختلف توزیع مینماید و هر دنباله به طور همزمان به وسیلهی گرههایی مختلف مورد پردازش قرار میگیرد. هنگامی که بهترین راهکار (فرضی) یافت شد، این فرآیند موفقیت آمیز اطلاعات را به دیگر گرهها انتشار میدهد و فضای جستجو را کاهش داده و در نتیجه باعث صرف جویی در زمان محاسبه میشود.الگوریتم توزیعی در ++C ساخته شد و در جهت استفاده به وسیلهی ابر رایانههای PLX و FERMI ارتقاء داده شد، اما این الگوریتم با هر خوشهی OpenMPI مبنا سازگار است. این الگوریتم در بستهی Er) ERNE همتراز عددی تصادفی گسترش یافته) جای داده شده بود، که هدف آن فراهم آوردن مجموعهای جامع و کامل از ابزارها در جهت همتراز سازی و پاک سازی نمودن خواندنهای کوتاه است. ERNE یک نرم افزار رایگان است که با مجوز منبع آزاد (GPL V۳) توزیع گردیده است و میتوان آن را از وب سایت: http://erne.sourceforge.net دانلود نمود. الگوریتم توضیح داده شده در این کار در برنامههای ERNE-PMAP و ERNE-PBS۵ مورد استفاده قرار میگیرند که برنامهی اول برای همتراز ساختن دنبالههای DNA وRNA طراحی شده است، در حالی که برنامهی دوم برای دنبالههای عمل شده با بی سولفیت ارتقاء داده شده است.کلیدواژه ها
الگوریتم، موازی ،میزان سازی، نابرابریهای kاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.