مطالعه ژن های موثر بر تولید الیاف پشم در گوسفند برپایه آنالیز هستی شناسی
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 15، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-15-3_001
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 251
نویسندگان
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت، ایران.
چکیده
هدف: به دلیل اهمیت اقتصادی پشم گوسفند، تاکنون تحقیقات گسترده ای در زمینه ساختار و اساس ژنتیکی آن صورت گرفته است. شناسایی ژن های موثر بر صفات اقتصادی از اهداف مهم اصلاح نژادی در پرورش گوسفند است. از پتانسیل ژنتیکی و عملکردی ژن ها می توان در جهت دستیابی به محصولات تولیدی با بهترین کیفیت و کمیت استفاده نمود. برای تجزیه و تحلیل داده های حجیم، روش های تعیین توالی مقرون به صرفه ای وجود دارد که به درک مکانیسم ها و زمینه ژنتیکی صفات مختلف کمک کرده است. شناسایی ویژگی های متفاوت ژن های کاندید و انواع ژنوتیپ های مرتبط با صفات مهم فنوتیپی، در اصلاح نژاد حیوانات ضروری است. لذا، هدف از مطالعه حاضر شناسایی ژن های موثر بر تولید الیاف پشم در گوسفند بر پایه آنالیزهای عملکردی آن ژن ها می باشد. مواد و روش ها: ابتدا داده های مورد استفاده برای این تحقیق از پایگاه داده ای GEOبا شماره دسترسی GSE۸۵۸۴۴دانلود شدند. در پژوهش حاضر معیار انتخاب ژن ها تفاوت بیان در دامنه (< -۰.۳۰.۳< LogFC) و آماره P-valueدر سطح کمتر از ۵ درصد بود. پس از شناسایی و مشخص شدن ژن ها با تفاوت معنی دار برای آنالیز هستی شناسی ژن ها از پایگاه داده DAVIDاستفاده شد. به منظور بررسی برهمکنش و ارتباط بین ژن های درگیر در تولید الیاف پشم از پایگاه اطلاعاتی STRINGاستفاده و آنالیز شبکه توسط بسته نرم افزاری Cytoscapeانجام شد. نتایج: تعداد ۱۰۰۸ ژن با بیان متفاوت و معنی دار شناسایی شد (p< ۰.۰۵). ژن ها با Log FC < - ۰.۳ بیان پایینی دارند و تعداد آنها ۴۳۱ عدد بود و ژن های با Log FC> ۰.۳ بیان بالایی دارند و تعداد آنها ۵۷۷ عدد است. نتایج هستی شناسی برای ژن های CHRD و PLOD۱ BMP۴ و ITGA۵ نشان داد که این ژن ها در مسیرهای مرتبط با مورفوژنز و ساخت تارهای مو، بازسازی فولیکول های مو و توسعه و تراکم پوست موثر هستند. نتیجه گیری: انتخاب برای بهبود کیفی در پشم تولیدی در گوسفندان با استفاده از این یافته ها، سبب تسریع پیشرفت ژنتیکی برنامه های اصلاح نژادی مرتبط خواهد گردید.کلیدواژه ها
پشم, آنالیز شبکه, بیان ژن, هستی شناسیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.