طراحی بیوانفورماتیک و ساخت ایمونوژن RBD علیه اتصال ویروس SARS CoV_۲
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: فصلنامه علوم و فناوری های پدافند نوین، دوره: 13، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_ADST-13-2_002
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 260
نویسندگان
دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه میکروبیولوژی، دانشگاه شاهد، تهران، ایران
دانشیار، دانشکده علوم پایه، دانشگاه جامع امام حسین(ع)، تهران، ایران
استاد گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شاهد، تهران، ایران
دانشجوی کارشناسی ارشد، مرکز زیست شناسی، دانشگاه جامع امام حسین، تهران، ایران
کارشناس ارشد، دانشکده علوم پایه، دانشگاه جامع امام حسین(ع)، تهران، ایران
چکیده
ویروس مسری SARS CoV_۲ به سرعت در جهان شیوع پیدا کرد. این ویروس بیش از ۵۵۰ میلیون نفر را در سراسر جهان آلوده کرده و منجر به مرگ حدود ۷ میلیون نفر شده است. در سازوکار تهاجم ویروس، زیرواحد متصل شونده به گیرنده (RBD) از پروتئین Spike نقش مهمی در ورود ویروس به سلول میزبان دارد. در این مطالعه، با توجه به رویکردهای بیوانفورماتیکی، طراحی کاست، سازگاری کدون و پایداری پروتئین و درنهایت صحت سازه طراحی شده با بررسی بیان پروتئینی سنجیده شد. برای افزایش احتمال بیان کاست RBD، کدون های ژنی و پارامترهای مختلف بهینه شده و تجزیه و تحلیل ترمودینامیکی ساختار mRNA برای افزایش ثبات انجام گردید. ساختار پروتئین سوم نیز پیش بینی شد و کیفیت ساختارها ارزیابی شدند. اپی توپ های خطی و فضایی تعیین شدند. پروتئین نوترکیب RBD بالاترین شاخص آنتی ژنی را نشان داد. شاخص سازگاری کدون پروتئین نوترکیب به ۹۶/۰ افزایش یافت. ساختار سوم پیش بینی شده بر اساس سرور I_TASSER کیفیت خوبی را نشان داد. تجزیه و تحلیل ترمودینامیکی ساختار mRNA نشان داد که ساختار پیش بینی شده پایدار است و اپی توپ های تطبیقی و خطی در هر سه حوزه پروتئین نوترکیب مشاهده شده است. سپس سازه مورد نظر در میزبان باکتریایی بیان شد. نتایج ایمونوانفورماتیکی و بیان نشان داد سازه نوترکیب طراحی شده آنتی ژنیسیته و پتانسیل تولید بالایی دارد و می می تواند به عنوان یک کاندید ایمونوژن علیه ویروس SARS CoV_۲ در مطالعات بعدی استفاده شود.کلیدواژه ها
کاندید واکسن, بیوانفورماتیک, RBD, پروتئین نوترکیب, SARS CoV_۲اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.