مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه غنی سازی مجموعه های ژنی صفات مهم اقتصادی در بلدرچین ژاپنی
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: مجله تحقیقات تولیدات دامی، دوره: 12، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_ARGU-12-1_006
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 98
نویسندگان
استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک
چکیده
در این پژوهش، به منظور شناسایی ژنها و مسیرهای مرتبط با برخی صفات اقتصادی، مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه غنیسازی مجموعههای ژنی با استفاده از یک تراشه چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) ژنوم بلدرچین ژاپنی (illumina iSelect ۴K) در یک جمعیت F۲ حاصل از تلاقی دوطرفه انجام شد. به ازای هر پرنده، صفات میزان خوراک مصرفی، افزایش وزن بدن، ضریب تبدیل خوراک، خاکستر استخوان درشتنی و پا اندازهگیری شد. با استفاده از نرمافزار GCTA و بر اساس مدل خطی مختلط ارتباط هر یک از SNPها با هر یک از صفات بررسی شد. تجزیه غنیسازی مجموعههای ژنی با بسته نرمافزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی طبقات عملکردی و مسیرهای زیستی ژنهای نزدیک در مناطق ژنومی کاندیدا انجام شد و در نهایت برای تجزیه بیوانفورماتیکی از پایگاههای برخط DAVID و PANTHER استفاده شد. در این پژوهش، تعداد ۱۱ نشانگر SNP واقع روی کروموزومهای ۲، ۳، ۴، ۵، ۱۰، ۱۸، ۲۰، ۲۴ و ۲۷ شناسایی شدند که با ژنهای NPY، DRD۲، PTPRN۲، BMPR۱B، MYF۵، IGF۲BP۱، MYO۱E، FGF۲، LDB۲، BMP۴، ACOX۱، PCK۱، PLCB۴، PLCB۱ و PLCG۱ مرتبط بودند. در تجزیه غنیسازی مجموعه ژنی، تعداد ۲۳ طبقات هستیشناسی و مسیرهای بیوشیمیایی KEGG با صفات مورد بررسی شناسایی شد (۰۵/۰> P). از این بین، طبقات هستیشناسی Protein glycosylation، Myoblast differentiation،Positive regulation of muscle cell differentiation ، مسیرهای بیوشیمیایی MAPK signaling pathway و Calcium signaling pathway نقش مهمی در توسعه الیاف عضلانی اسکلتی، مصرف خوراک و قابلیت جذب داشتند. با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافتههای این پژوهش میتواند در انتخاب ژنتیکی با هدف بهبود تولید، مفید باشد.کلیدواژه ها
افزایش وزن بدن, بلدرچین ژاپنی, پویش ژنوم, ضریب تبدیل خوراک, مصرف خوراکاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.