تنوع توالی سیتوکروم-b ژنوم میتوکندی در اسبهای کرد ایران
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 54، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_IJAS-54-2_004
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 295
نویسندگان
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران.
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران.
موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
چکیده
بررسی توالی نوکلئوتیدی ناحیه سیتوکروم-b ژنوم میتوکندری در درون جمعیت ها می تواند شاخص مناسبی از میزان تنوع موجود در جمعیت مورد مطالعه باشد. تحقیق اخیر به منظور بررسی تنوع ژنتیکی در اسب کرد و رابطه فیلوژنتیکی اسب کرد با سایر نژادهای اسب در دنیا با استفاده از ناحیه سیتوکروم-b انجام شد. بدین منظور از ۳۰ راس اسب نژاد کرد خون گیری بعمل آمد و DNA آن به روش نمکی استخراج گردید، سپس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ناحیه سیتوکروم-b به طول ۱۰۲۹جفت باز تکثیر و تمام نمونه ها بعد از خالص سازی توالی یابی شدند. قطعه مورد نظر پس از توالی یابی، با نرم افزار BioEdit ویرایش و قطعه ۸۸۲ جفت بازی از آن استخراج شد. نمونه ها با توالی مرجع اسب به شماره دسترسی (X۷۹۵۴۷) با استفاده از رویه Clustal-W همردیف شدند. تعداد هاپلوتیپ، جایگاههای نوکلئوتیدی متغیر، تنوع هاپلوتیپی و تنوع نوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار DNASP۴.۰ تعیین شد. درخت فیلوژنی با استفاده از نرم افزار MEGA۶.۱ به روش Neighbour-joining ترسیم شد. تعداد ۷ هاپلوتایپ با ۷ جایگاه نوکلئوتیدی متغیر شناسایی شد. هاپلوتایپهای بدست آمده همگی در هاپلوگروه K قرار گرفتند. میزان تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی به ترتیب ۰۰۱/۰±۷۸۴/۰ و ۰۰۱/۰±۰۰۲۱۸/۰ برآورد شد. ترکیب نوکلئوتیدها در توالی شاخص شامل ۲۷/۲۱% نوکلئوتید A، ۷۷/۳۲% نوکلئوتید C، ۱۵/۱۳% نوکلئوتید G و ۸۷/۲۶% نوکلئوتید Tبود. بر اساس نتایج آنالیز فیلوژنی، اسب کرد از نظر ژنتیکی به نژادهایی از ژاپن، چین ، نژادی از لهستان و عربستان نزدیکتر است، که نشان دهنده تشابه ژنتیکی بیشتر اسب کرد با نژادهای آسیایی و تا حدودی اروپایی می باشد..کلیدواژه ها
اسب کرد, تنوع ژنتیکی, ژنوم میتوکندری, سیتوکروم b, فیلوژنیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.