مطالعه بیان افتراقی ژن های بافت رحم مرتبط با کیفیت پوسته تخم مرغ با استفاده از داده های ترانسکریپتومیکس
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: فصلنامه پژوهشهای علوم دامی ایران، دوره: 15، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_JASR-15-1_009
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 232
نویسندگان
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران.
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران.
چکیده
با توجه به نقش کیفیت مطلوب پوسته تخم مرغ در مواردی همچون حمل ونقل و تبادلات گازی محتوای داخل تخم مرغ با بیرون از آن و نیز یکی از روشهای بهبود صفات، با تکیه بر ساختار ژنتیکی صفت، اعمال انتخاب ژنتیکی است؛ در این پژوهش با هدف مطالعه پروفایل بیان ژن و تعیین ژنهای شاخص با بیان متفاوت، داده های خام توالی ترانسکریپتوم دو گروه مرغ با پوسته تخم سخت و ضعیف در سه مرحله از دوره آهکی شدن پوسته به ترتیب شامل مراحل شروع، رشد و خاتمه مورد بررسی قرار گرفت. ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) ۱۸ نمونه از بافت رحم با سه تکرار در هر مرحله از هر گروه از پایگاه داده NCBI اخذ گردید و سپس به ترتیب مراحل پیش پردازش خوانش ها با نرم افزارهای SRAtookit، fastQC و Trimmomatic، هم ردیفی و مکان یابی خوانش ها با نرم افزارهای Hisat۲ و Samtools و سپس آنالیز بیان و بیان افتراقی با پکیج نرم افزاری Cufflinks انجام شد، در انتها آنالیز هستی شناسی ژن های شاخص در دو پایگاه داده DAVID و Ensemble مورد بررسی قرار گرفت. در نتیجه آنالیز بیان افتراقی، ۲۸۸۳۳ ژن بر روی ترانسکریپتوم نمونه ها شناسایی شد که در نهایت، ۱۳۳۸ ژن در مرحله شروع، ۸۱ ژن در مرحله رشد و ۱۹۰ ژن در مرحله خاتمه با بیان متفاوت و معنی دار شناسایی شد (P< ۰.۰۰۰۲۵). با در نظر گرفتن log۲(fold_change)> ۴ و log۲(fold_change)< -۴، ۵۱ ژن در مرحله شروع، دو ژن در مرحله رشد و چهار ژن در مرحله خاتمه به عنوان شاخص ترین ژن ها با بیان متفاوت و معنی دار مشخص شدند. آنالیز هستی شناسی ژنهای شاخص نشان داد، به طور عمده به ترتیب در فعالیت های اتصال پروتئین، تنظیم رونویسیDNA، پاسخ ایمنی، متابولیسم چربی و اتصال یون کلسیم نقش دارند.کلیدواژه ها
آهکی شدن پوسته, بیان افتراقی ژن, پوسته تخم مرغ, ترانسکریپتوم, هستی شناسی ژناطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.