آنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی
- سال انتشار: 1394
- محل انتشار: مجله تحقیقات تولیدات دامی، دوره: 4، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_ARGU-4-3_009
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 266
نویسندگان
دانشجوی دکترای ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان
استاد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان
دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان
چکیده
این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تکنوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد ۹۰ راس گاو از نژادهای سرابی (۲۰)، کردی (۱۰)، مازندرانی (۱۰)، تالشی (۱۰)، سیستانی (۱۰)، کرمانی (۱۰)، نجدی (۱۰) و توده بومی فارس (۱۰) مورد نمونهبرداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونهها با استفاده از چیپ Illumina High density Bovine BeadChip با تراکم ۷۷۷۹۶۲ جایگاه انجام شد. پس از حذف جایگاههای دارای عدم تعادل پیوستگی (جفت جایگاههای دارای r۲ بالاتر از ۲/۰)، ۶۴۳۳۳ جایگاه SNP جهت آنالیزهای بعدی باقی ماندند. برنامه STRUCTURE جهت بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی کشور در این مجموعه داده به کار گرفته شد. تعداد جمعیتهای فرض شده در هر اجرا از دو تا هشت جمعیت در نظر گرفته شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که در اولین سطح خوشهبندی (۲K=)، جمعیتهای سرابی (۶/۹۷%) و کردی (۳/۹۴%) در خوشه مشترکی قرار گرفتهاند و نژاد سیستانی (۹۲%) نیز خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالیکه سایر نژادها آمیختهای از این دو خوشه بودند. تعداد سه خوشه (۳K=) به بهترین شکل تعداد گروههای ژنتیکی موجود در مجموعه دادهها را توجیه کرد. وجود سه خوشه (۳K=) در دادهها موجب قرار گرفتن نژاد کردی در یک خوشه مستقل شد. در این مطالعه تفاوتهای ژنتیکی گاوهای بومی ایران به خوبی به وسیله دادههای متراکم SNP شناسایی شدند. همچنین شباهتهای مربوط به توزیع جغرافیایی و خصوصیات تولیدی گاوها نیز با روابط ژنتیکی یافت شده در این مطالعه انطباق داشتند.کلیدواژه ها
استنباط بیزی, چندشکلی تک نوکلئوتیدی, ساختار ژنتیکی, گاوهای بومی ایراناطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.