بررسی چند شکلی ناحیه ITS-rDNA فوزاریوم بخشهای Elegans و Martiella-Ventricosum مرتبط با کدوییان با استفاده از مارکر RFLP در استان تهران
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: فصلنامه سلول و بافت، دوره: 13، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_JCT-13-3_004
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 119
نویسندگان
دانشجوی دکتری بیماری شناسی گیاهی، گروه گیاه پزشکی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران
استاد، گروه گیاه پزشکی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران
استادیار، گروه گیاه پزشکی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران
چکیده
هدف: هدف از این تحقیق جمعآوری و شناسایی فوزاریومهای مرتبط با گیاهان تیره کدوئیان در مناطق کشت این محصولات در استان تهران و ارزیابی چندشکلی ITS-rDNA RFLP به عنوان یک نشانگر مولکولی در بررسی روابط خویشاوندی این گروه از فوزاریومها میباشد. مواد و روشها: در طول فصل زراعی از مناطق عمده ی کشت محصولات جالیزی استان تهران، از محل ریشه، طوقه، ساقه تا ارتفاع ۱۵ سانتیمتری و همچنین خاک اطراف گیاه (ریزوسفر)، نمونه برداری ها به عمل آمد. جدایه های قارچی بر روی محیطکشت PPA کشت، و به روش تک اسپور کردن خالص سازی شده و سپس بر اساس ویژگی های ریختشناسی شناسایی شدند. DNA ژنومی قارچ ها استخراج شد. ناحیه ژنومی rDNA ITS جدایه های فوزاریوم با استفاده از پرایمرهای ITS۱ و ITS۴، تکثیر شد. محصولاتPCR با استفاده از آنزیم های Sma Ι، Bgl ΙΙ و Mbo Ι مورد هضم قرار گرفتند و سپس بر روی ژل آگارز ۵/۲ درصد بارگذاریشدند. تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار NTSYS-PC V۲.۰۲ انجام شد. بدین نحو که ابتدا یک ماتریکس داده از وجود (۱) یا عدم وجود (۰) هر باند برای هر جدایه ترسیم شد. سپس با استفاده از ضریب شباهت SM، ماتریکس فاصله ژنتیکی تولید و بر اساس مقیاس SAHN و روش UPGMA دندوگرام شباهت جدایه ها ترسیمشد. نتایج: در مجموع تعداد ۹۵ جدایه فوزاریوم متعلق به گونههای Fusarium solani و F. oxysporum شناسایی شد که از این تعداد، ۴۵ جدایه متعلق به F. solani و ۵۰ جدایه به عنوان F. oxysporum تشخیص داده شد. از تکثیر ناحیه بین ITS۱ و ITS۴ در جدایههای F. oxysporum یک ناحیهی bp ۲۵±۵۵۰ و در جدایههای F. solani ، ناحیهای به اندازه ی bp ۲۵±۵۷۵ بهدست آمد.آنزیم Bgl ΙΙ فاقد جایگاه برشی در ناحیهی ITS بود. آنزیم Sma Ι در گونه های F. oxysporum بدون جایگاه برشی، ولی در گونههای F. solani دارای یک جایگاه برشی بود و دو قطعهی ۳۵۰ و ۲۳۰ جفت بازی تولیدشد. آنزیم Mbo Ι در برخی جدایههای تشخیصداده شده به نام F. oxysporum چهار باند (bp ۱۸۰،bp ۱۶۰، bp ۱۳۰و bp ۹۰ )تولید کرد که این جدایهها به عنوان F. redolens تشخیص دادهشدند و در دیگر جدایههای F. oxysporum دو باند bp ۳۲۰ و bp ۱۹۰ تولید شد. آنزیم Mbo Ι در جدایههای F. solani به استثنای چند جدایه فاقد جایگاه برشی بود. نتیجهگیری: به نظر میرسد، استفاده از روش rDNA-RFLP با استفاده از آنزیمهای برشی Sma I و Mbo I میتواند روش مناسبی برای تفکیک گونههای فوزاریوم متعلق به دو بخش Elegans و Martiella-Ventricosum از همدیگر و همچنین بررسی تنوع داخل یا بین گونهای در بخش Elegans باشد.کلیدواژه ها
Fusarium, Elegans, Martiella-Ventricosum, rDNA-ITS-RFLP, آنزیم برشی, کدوئیاناطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.