بررسی تنوع تعداد کپی در ژنوم گوسفندان بلوچی با استفاده از تجزیه مقایسهای الگوریتم های PennCNV و QuantiSNP
- سال انتشار: 1399
- محل انتشار: مجله تحقیقات تولیدات دامی، دوره: 9، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_ARGU-9-1_003
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 192
نویسندگان
دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری
استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری
استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی، دانشگاه اراک
استاد، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری
چکیده
تنوع تعداد کپی (CNV)، از مهمترین تغییرات ساختاری ژنوم، به عنوان منبع مهم تنوع ژنتیکی و فنوتیپی شناخته شده است. هدف از این مطالعه بررسی مقایسه ای CNV در گوسفندان نژاد بلوچی با استفاده از الگوریتم های PennCNV و QuantiSNP بود. تجزیه داده ها با استفاده از آرایه تعیین ژنوتیپ SNP۵۰K گوسفندی روی ۹۶ گوسفند بلوچی انجام شد. پس از تشخیص CNVها، مناطق تنوع تعداد کپی (CNVRs) با استفاده از برنامه CNVRuler تعیین شدند. در مجموع تعداد ۲۰۱ و ۹۱۶ CNV به ترتیب با الگوریتمهای PennCNV و QuantiSNP شناسایی شد. همچنین ۹۱ CNVR (به طول ۷۵/۱۸ تا ۷/۵۱۱ کیلو جفت باز) با الگوریتم PennCNV و ۳۱۶ CNVR (به طول ۷/۵ تا ۱۲۸۰ کیلو جفت باز) با الگوریتم QuantiSNP شناسایی شد که به ترتیب در بر گیرنده ۴۶/۰ و ۳۳/۱ درصد از کل ژنوم گوسفند بود. تعداد CNVهای نوع حذف در الگوریتم QuantiSNP حدود پنج برابر و در الگوریتم PennCNV حدود سه برابر بیشتر از تعداد اضافه ها بود. همچنین تعداد CNV های شناسایی شده با الگوریتم QuantiSNP حدود چهار برابر بیشتر بود. میزان ۶/۸۶ درصد (۱۷۴ CNV با متوسط طول ۶۷/۱۲۲ کیلو جفت باز) از CNVهای شناسایی شده به وسیله الگوریتم PennCNV با CNVهای شناسایی شده در الگوریتم QuantiSNP مطابقت داشتند. در مجموع، نتایج این تحقیق نشان داد که استفاده از چندین الگوریتم می تواند تغییرات ساختاری ژنوم را با دقت بیشتری تشخیص دهد و منجر به درک بهتری از ژنوم گوسفند شود.کلیدواژه ها
آرایه تعیین ژنوتیپ, الگوریتم های PennCNV و QuantiSNP, تغییرات ساختاری, تنوع تعداد کپیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.