Strategies for Vaccine Design for Corona Virus for All Variants of Concern Using Immunoinformatics Techniques
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 128
فایل این مقاله در 18 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IEM-8-3_009
تاریخ نمایه سازی: 17 بهمن 1401
چکیده مقاله:
Backgrounds: A short sequence of viral protein or peptide, can be used as a potential vaccine for the treatment of that virus. Considering all variants of concern (VOC), vaccine design with peptide for Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus ۲ (SARS CoV۲) is a challenging job for scientists.
Materials & Methods: In this current study, an epitope containing peptide vaccine for nonstructural protein ۴ (nsp ۴) of SARS CoV۲ coronavirus has been predicted. With the help of a modified method for both B and T call epitope prediction, verified by molecular docking studies, linear B cell and T cell epitopes for nsp۴ protein, are predicted here. Predicted epitopes are analyzed further with population coverage calculation and epitope conservancy analysis.
Findings: A short peptide sequence ۷۴QRGGSYTNDKA۸۴ has been selected as B cell epitope considering the scores for surface accessibility, hydrophilicity, beta turn prediction for each amino acid residues.
Similarly, the peptide sequences ۳۵۹ FLAHIQWMV۳۶۷ and ۳۵۹ FLAHIQWVMFTPLV۳۷۳ are predicted as T cell epitopes for MHC-I and MHC-II molecules. These two potential epitopes can interest with HLA-A*۰۲:۰۱ and HLA-DRB*۰۱:۰۱, MHC allelic proteins respectively with lowest IC۵۰ values.
Furthermore, no amino acid mutations are observed in GISAD Global initiate on sharing all influenza data) database for alpha, beta, gamma and delta variance of concerns (VOC). Among seven amino acid point mutation of nsp ۴ protein in Omicron variant, none of them is present in the peptide sequences of predicted epitope-based vaccines.
Conclusion: The short peptide sequences can be predicted as vaccines to prevent coronavirus infections for all variants of concerns.
کلیدواژه ها:
Peptide type vaccine design ، COVID-۱۹ ، B and T cell epitopes ، MHC allelic protein ، molecular docking study
نویسندگان
ANAMIKA BASU
Lecturer, Girudas College, Calcutta University
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :