روش های ایمونوانفورماتیکی برای طراحی واکسن پپتیدی مبتنی بر اپی توپ سلول B و T در برابر SARS-CoV-۲

زمینه و هدف: کرونا ویروس ها گروه بزرگی ازویروسها هستند که می توانند حیوانات و انسانها را آلوده کنند و باعث مرگ و میر زیادی با هزاران موردتایید شده در سراسر جهان شدهاند. این ناراحتی ها می تواند از خفیف تا شدید باشد. افراد در هر سنی می توانند به ویروس کرونای جدیدآلوده شوند. به نظر میرسد افراد مسن و افرادی که دارای بیماری زمینه ای هستند، بیشتر در معرض خطر ابتلا به این بیماری میباشند. باتوجه به اینکه هیچ دارویی برای درمان وجود ندارد، به نظر می رسد بهترین راه حل برای هوا و درمان، و اکسیناسیون باشد. هدف از اینمطالعه طراحی واکسن علیه SARS-CoV-۲ بر اساس آنالیز In silico برای بهترین پاسخ وتحریک سلول های B و T می باشد.روش بررسی: توالی پروتئین S از پایگاه های داده پروتئین (NCBI & Uniprot) جمعآوری شد و با ابزار In silico (IEDB - ABCpred)برای شناسایی حفاظت شده ترین اپی توپ های ایمنی زا برای تحریک پاسخ ایمنی سلول های T و B مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. ایناپی توپ های مناسب از نظر سمیت و حساسیت زایی و ایمنی زایی به ترتیب با استفاده از سرورهای Toxinpred و AllerTop وVaxigen مورد ارزیابی قرار گرفتند. در نهایت، پروتئین کایمر به عنوان یک واکسن جدید مبتنی بر اپی توپ به ترتیب توسط سرورهایPrabi Garland و swiss model از نظر ساختارهای دو بعدی و سه بعدی طراحی و مورد سنجش قرار گرفت.یافته ها: در این مطالعه طراحی واکسن مبتنی براپی توپ درخصوص سلول T و B به ترتیب بیشترین اپی توپ (LPLVSSQCV) و(FLVLLPLVS) را برای تحریک TCD۸ و TCD۴ توسط سرور IEDB پیش بینی شد، همچنین یک اپی توپ مناسب(YGFQPTNGVGYQ) توسط سرور ABCpred پیشبینی شد. این پپتیدهای پیش بینی شده به بیشترین تعداد آلل متصلشدند. همچنین آنها اپی توپ های سمی و آلرژن نبودند که توسط سرورهای Toxinpred و AllerTop بررسی شدند. پروتئین کایمرطراحی شده از نظر خواص فیزیکوشیمیایی و پایداری مناسب بود.نتیجه گیری: مطالعه طراحی واکسن مبتنی بر اپی توب نشان داد که اپی توپ های پیش بینی شده با کارایی و پایداری بالا هستند که میتوانند بهعنوان یک واکسن پپتیدی، درمانی برای پیشگیری از عفونت SARS-CoV-۲ استفاده شوند.

کلیدواژه ها:

کروناویروس ، واکسن اپیتوپی ، ایمنوانفورماتیک