بررسی تنوع ژنتیکی جنسCrassostrea در سواحل بندر امام خمینی با روش تعیین توالی ژن ۱۶S rRNA
- سال انتشار: 1394
- محل انتشار: فصلنامه علوم و فنون دریایی، دوره: 14، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_JMST-14-3_002
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 115
نویسندگان
دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر
دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر_عضو هیات علمی
دانشگاه علو.م و فنون دریایی خرمشهر_عضو هیات علمی
دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر_عضو هیات علمی
چکیده
۱۶S rRNA یکی از اجزای بخش بزرگ ریبوزومی می باشد که بوسیله ی ژنوم میتوکندریایی کد می شود و به طور گسترده ای در مطالعات فیلوژنتیکی مربوط به گونه های نزدیک و به خصوص گونه های مربوط به Crassostrea مورد استفاده قرار می گیرد. پلی مورفیسم توالی نوکلئوتیدی مربوط به ژن ۱۶S rRNA ژنوم میتوکندریایی اویستر خلیج فارس (Crassostrea sp.)، در ۳۰ نمونه اویستر جمع آوری شده از بندر امام خمینی مورد بررسی قرار گرفت. واکنش زنجیره ای PCR از طریق یک جفت آغازگر برای تمام نمونه ها انجام و سپس محصولات PCR، توالی یابی اتوماتیک شدند. سپس اطلاعات بدست آمده از طریق برنامه ها و نرم افزارها مورد آنالیز قرار گرفتند. برای ژن مورد بررسی تنها ۲ موتاسیون مشاهده شد و تنوع نوکلئوتیدی (Pi) ۰۰۰۶۱/۰ محاسبه گردید. در میان ۳۰ نمونه، تعداد ۳ هاپلوتیپ شناسایی شد میانگین تنوع هاپلوتیپی (Hd) ۱۹۵/۰ محاسبه گردید. هاپلوتیپ های بدست آمده از تحقیق حاضر برای اولین بار در بانک ژنی ثبت گردیدند. رسم درخت های فیلوژنی حاصل از داده های توالی یابی ژن مورد نظر هیچ جدائی مشخصی را برای نمونه های مورد مطالعه در بندر امام خمینی فراهم نکرد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که تمایز توالی پائینی در جمعیت مورد بررسی در بندر امام خمینی وجود دارد.کلیدواژه ها
۱۶S rRNA, Crassostrea, primer, PCR chain reaction, sequencingاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.