بررسی و مقایسه اثر پرایمر در ارزیابی ساختار جوامع باکتریایی خاک مناطق نیمه خشک با روش Illumina Miseq
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: فصلنامه زیست شناسی کاربردی، دوره: 35، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_JAB-35-1_005
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 305
نویسندگان
۱-دانشجوی دکترا ، گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا، تهران، ایران ۲- موسسه تحقیقات جنگلها و مراتع کشور، ،سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران
۱-دانشیار ،گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا س، تهران، ایران ۲- مرکز تحقیقات میکروبیولوژی کاربردی و بیوتکنولوژی میکروبی، دانشگاه الزهرا، تهران، ایران
استاد،موسسه تحقیقات جنگلها و مراتع کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران
استادیار ، گروه علوم گیاهی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه الزهرا (س)،تهران ، ایران
چکیده
مقدمه: هدف از این مطالعه بررسی تاثیر نوع پرایمر در ارزیابی ساختار جمعیت میکروبی در خاک یک اکوسیستم نیمه خشک بوده است. مواد و روشها: DNA نمونههای خاک پس از استخراج و انجام PCR با دو جفت پرایمر مربوط به نواحی V۱-V۳ و V۴-V۵ توالییابی و دادهها با نرم افزار QIME آنالیز شدند. نتایج: آنالیزNext Generation Sequencing نشان داد پرایمر V۴-V۵ توانست ۹۷/۹ درصد از باکتریها را شناسایی کند در حالیکه ۹۰/۴ درصد از باکتریها با جفت پرایمر V۱-V۳ شناسایی شدند. جفت پرایمر V۱-V۳ توانست درصد بیشتری از Proteobacteria (۳۷/۸درصد) را شناسایی کند در صورتیکه جفت پرایمر V۴-V۵ در شناسایی Actinobacteria (۳۳/۶ درصد) بهتر عمل کرده است. بعلاوه جفت پرایمر V۴-V۵ در سطوح تاکسونومیکی راسته، خانواده و جنس تعداد بیشتری را در نمونههای خاک مطالعه شده در مقایسه با جفت پرایمر V۱-V۳ شناسایی کرد. بحث: با وجود عملکرد بهتر پرایمر V۴-V۵ و با توجه به اینکه برخی از اجزای سطوح مختلف تاکسونومیکی با یکی از جفت پرایمرهای استفاده شده شناسایی شدند به نظر میرسد به منظور ارزیابی دقیقتر جمعیتهای میکروبی بهتر است از حداقل دو سری پرایمر استفاده شود.کلیدواژه ها
تاکسونومی, تنوع زیستی, توالی یابی نسل دوم, جامعه میکروبی, میکروبیولوژی خاکاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.