مطالعه مقایسه ای پوشش ترانسکریپتومی و چندشکلی های تک نوکلئوتیدی ژنوم میتوکندری در گاو هلشتاین (Bos taurus) در مقابل کلیستانی (Bos indicus)
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 53، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_IJAS-53-3_005
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 342
نویسندگان
دانش آموخته کارشناس ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران
دانشیار ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران
دانشیار ژنتیک و اصلاح دام، بخش پژوهش های بیوتکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
دانشیار ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی و بیوانفورماتیک، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران
چکیده
هدف از انجام پژوهش حاضر، بررسی دلایل اختلاف بیان ژن بسیار فاحش بین دو زیر گونه گاو هلشتاین و کلیستانی و اهمیت ژنهای میتوکندری این دو نژاد شامل COX۱، COX۲، COX۳، ND۱ وND۲ میباشند که در فرآیندهای مهمی از جمله متابولیسم انرژی، در مقابله با تنشهای زیستی و غیرزیستی و نیز مقاومت به بیماری نقش دارند. در این مطالعه از داده های RNA-Seq مربوط به ادغام ۴۰ نمونه از مرکز گاو شیری دانشگاه ویسکانسین آمریکا (Bos taurus) و ۴۵ گاو ماده کلیستانی (Bos indicus) در مزرعه گوجایتپیر شهر باهاوالپور واقع در ایالت پنجاب پاکستان استفاده شد. جهت بررسی سطح پوشش ترانسکریپتومی و اختلافات ژنتیکی که شامل نواحی چندشکلی، نواحی حذف و اضافه و نواحی اتصال بود از نرم افزار IGB استفاده شد. همچنین جهت تعیین مکان نواحی چندشکل و محاسبه درصد انواع جایگزینیهای انتقالی و تقاطعی نوکلئوتیدها و هم ردیفسازی توالیها نرمافزارهای MEGA۶ و DnaSPV.۵ استفاده شدند. نتایج حاصل از این مطالعه، بیانگر این بود که ژن COX۱ به طول ۱۵۴۲ جفت باز، بیشترین سطح پوشش ترانسکریپتومی (کاوریج) در ژنوم میتوکندری را دارا بود و کمترین سطح پوشش ترانسکریپتومی مربوط به ژن ND۱ بود. در بین ژنهای میتوکندری، ژن COX۱ بیشترین میزان حذف و اضافه را نشان داد که در نژاد هلشتاین بیشتر از کلیستانی بود. تعداد نواحی چندشکل در جایگاه COX۱ بیشتر از سایر ژنها و برابر با ۱۹ ناحیه بود. همچنین نتایج نشان داد که درصد جایگزینی تک نوکلئوتیدی انتقالی در بازها بیشتر از جایگزینی تک نوکلئوتیدی تقاطعی میباشد که دلیل پایداری تغییرات در طی نسلهای متفاوت هستند. بنابراین، دلایل احتمالی تفاوت بیان ژنهای mtDNA میتواند در نتیجه تفاوت در اتفاقات فرآیندهای حذف و اضافه، پوشش ترانسکریپتوم و نواحی چندشکلی باشند.کلیدواژه ها
بیان ژن, پوشش ترانسکریپتومی, کلیستانی, حذف و اضافه, هلشتایناطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.