بررسی پایداری سیستم لیپوپروتئین- لیپید با استفاده از تکنیک دینامیک مولکولی به روش دانه درشت
- سال انتشار: 1392
- محل انتشار: بیست و یکمین همایش سالانه بین المللی مهندسی مکانیک
- کد COI اختصاصی: ISME21_431
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 144
نویسندگان
دانشجوی کارشناسی ارشد، دانشکده مهندسی مکانیک، دانشگاه صنعتی شریف
دانشجوی کارشناسی ارشد، دانشکده مهندسی مکانیک، دانشگاه صنعتی شریف
هیات علمی، دانشکده مهندسی مکانیک، دانشگاه صنعتی شریف
چکیده
در کار حاضر با استفاده از تکنیک دینامیک مولکولی به روش دانه درشت به مدل سازی یک سیستم لیپوپروتئینی و شبیه سازی تعامل آن با محلول آب و نمک پرداخته شده است که ترکیبی شبیه به ترکیب خون را دارا می باشد. در این پژوهش، یک مولکول لیپوپروتئین چگالی بالا که متشکل از دو حلقه ی منومری است و ساختار دو لایه لیپیدی که در وسط آن قرار دارد، مدل سازی شده اند. ابتدا مدل تمام اتمی سیستم ساخته شده است و سپس با استفاده از نگاشت مارتینی ، مدل دانه درشت سیستم تهیه شده است. تهیه مدل با استفاده از نرم افزار VMD و حل شبیه سازی آن توسط کد NAMD که توسط دانشگاه ایلینویز نوشته شده، صورت گرفته است. کل زمان شبیه سازی به مدت ۲۰nsدر ۱۰۰۰۰۰۰گام زمانی و با اندازه گام زمانی ۲۰ fs انجام شده است. دمای سیستم مورد نظر هم دما با بدن دمای انسان در نظر گرفته شده است . در انتها شکل و پایداری سیستم و کارایی روش در مدل سازی مولکول های زیستی نظیر لیپوپروتئین حاضر به عنوان نتایج شبیه سازی ، که در انسامبل NPT صورت گرفته، مورد بحث و بررسی قرار گرفته شده است.کلیدواژه ها
دینامیک مولکولی، روش دانه درشت، مدل سازی لیپوپروتئینمقالات مرتبط جدید
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.