ارایه یک روش جدید انطباق چندگانه توالی های دیانای و پروتئین براساس الگوریتم های تکاملی

مقدمه: مطالعه حیات و آشکارسازی وظایف ژن ها یک مساله مهم در محاسبات زیستی است. در انطباق توالی های زیستی، برای شناسایی ژن ها، اندازه گیریشباهت بین توالی ها انجام می شود. وقتی با مساله اندازه ژنوم در انطباق های چندگانه مواجه می شویم، با مشکل کمبود حافظه و افزایش زمان روبه روهستیم. بنابراین، روشی که بتواند سریع و بدون کاهش دقت، انطباق ژنوم ها را داشته باشد، تاثیر به سزایی در تحلیل توالی ها خصوصا توالی های بلند راهمراه دارد.مواد و روش ها: ابتدا روشی را برای تقسیم هر توالی به زیر توالی های کوتاه معرفی می کنیم. سپس از الگوریتم های تکاملی برای انطباق زیرتوالی ها استفادهمی کنیم. نتایج: روش پیشنهادی در هفت مجموعه داده با تعداد نکلوئتیدهای مختلف به ازای هر توالی دیانای و افزایش تدریجی از ۱۸۰۰۰ تا ۱۴ میلیوننکلئوتید، ارزیابی شده و با پنج روش مشهور انطباق چندگانه مقایسه شده است. بالاترین میزان دقت برای باکتری variola با میزان ۰/۹۳ و بالاتری سرعت انطباق ۰/۶ بر حسب دقیقه برای این باکتری است. نتیجه گیری: اکثر روشهای انطباق چندگانه در توالی های کوتاه یا تعداد کم، دقت مناسبی دارند اما برای دنباله های طولانی تر به قدرت محاسباتی بالایی نیاز دارند. الگوریتم پیشنهادی با انطباق توالی های بلند، در زمانی قابل قبول و حفظ دقت و همچنین استفاده بهینه از حافظه، بر این نقص غلبه می کند.

کلیدواژه ها:

انطباق چندگانه توالی ، داده ژنوم کامل ، تقسیم توالی ، الگوریتم های تکاملی