طراحی مدل های پیش بینی، جهت تعیین ساختار آنزیم استریول آسیل کریر پروتئین دیسچوراز ۱

  • سال انتشار: 1394
  • محل انتشار: مجله دانشگاه علوم پزشکی قم، دوره: 9، شماره: 8
  • کد COI اختصاصی: JR_MUQ-9-8_002
  • زبان مقاله: فارسی
  • تعداد مشاهده: 131
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

علی سالاری

Islamic Azad University, Borujerd

سیدمرتضی رضوی

University of Al-Khwarizmi

منصور ابراهیمی

University of Qom

چکیده

زمینه و هدف: اسیدهای چرب ضروری مانند آلفا لینولئیک اسید به عنوان یک امگا-۳ و آلفا لینولئیک اسید به عنوان یک امگا-۶ در سلول های انسانی تولید نمی شوند. بنابراین، به وسیله منابع غذایی مانند ماهی، روغن سویا، دانه کتان و دانه های آفتابگردان تامین می شوند. مراحل تولید آلفا لینولئیک اسید توسط ۶ آنزیم صورت می گیرد که یکی از آنها آسیل کریر پروتئین دیسچوراز است. این مطالعه با هدف طراحی مدل های پیش بینی جهت تعیین ساختار ارگانیزمی آنزیم استریول آسیل کریر پروتئین دیسچوراز ۱ انجام شد. روش بررسی: تعدادی از ابزارهای بیوانفورماتیک جهت تعیین مهم ترین مشخصه های ژنی آنزیم آسیل کریر پروتئین دیسچوراز به جهت توسعه مدل های پیش بینی ارگانیزمی اجرا شد. سپس از تکنیک های داده کاوی مانند (Feature selection, Decision tree, Classification models) در جهت تولید الگوریتم های پیش بینی دقیق و کارآمد برپایه خصوصیات ژنی آنزیم (S-ACP-DES۱) از ارگانیزم های مختلف استفاده شد. یافته ها: مهم ترین متغیر ژنی در تشخیص ساختارهای ارگانیزمی آنزیم (S-ACP-DES۱)، فراوانی طول بوده است. همچنین مدل های پیش بینی طراحی شده نشان داد مدل Naive Bayse با معیار FCdb با دقت ۳۸/۹۷% می تواند ارگانیزم آنزیم های جدید را براساس خصوصیات ژنی پیش بینی کند. دو یافته فوق برای اولین بار در این مطالعه گزارش شدند. نتیجه گیری: نتایج این مطالعه نشان داد با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی می توان به سهولت نسبت به دسته بندی آنزیم DESA۱ براساس ارگانیزم آن اقدام کرد و متغیر طول ژن ها، بهترین شاخص برای این دسته بندی است. همچنین بهترین ماشین یادگیری مدل Baysian درNaive Bayse با دقت بالای ۳۸/۹۷% جهت تعیین آنزیم DESA۱ برای اولین بار در این مطالعه گزارش شد.

کلیدواژه ها

Stearoyl-acyl carrier protein-desaturase, Computational biology, Fatty acids, Omega-۳, زیست شناسی با استفاده از کامپیوتر, اسیدهای چرب امگا-۳, پروتئین استریول آسیل کریر

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.