غربالگری مجازی و مطالعات داکینگ مولکولی چندین ترکیب گیاهی با پروتئاز اصلی ویروسکووید ۱۹

از زمان شیوع بیماری همه گیر Covid-۱۹ ، محققان در تلاش بوده اند ترکیبی پیدا کنند که پتانسیل مهار تکثیر ویروسSARS-CoV-۲ را داشته باشد. مطالعه حاضر باهدف ارزیابی ترکیبات زیستی فعال موجود در چندین گیاه با استفاده ازرویکرد اتصال مولکولی برای مهار پروتئاز اصلی SARS-CoV-۲ انجام شده است. در این پژوهش ۴۰ ترکیب گیاهی مختلفبا پروتئین ۶Y۲F ویروس کرونا مورد مطالعه قرار گرفته است. به منظور ارزیابی اتصال مولکولی از نرم افزار Auto Dock Vina ۱.۵.۶ استفاده شد، اعتبارسنجی با نرم افزار PyMol انجام گرفت و آنالیز نتایج به وسیله Biovia Discovery Studio ۴,۵ انجام شد. انتخاب بهترین ترکیب کمپلکس پروتئین لیگاند، با تعیین امتیاز اتصال که دارای بالاترین میل ترکیبیبود (منفی ترین GΔ انرژی آزاد اتصال گیبس) انجام شد. از میان ۴۰ ترکیب گیاهی، ۲۱ ترکیب گیاهی، انرژی بالای ۰ . -۸کیلو ژول بر مول را از خود نشان دادند. با توجه به نتایج انرژی اتصال و مقدار RMSD ، از بین داکینگ های انجام شده، ۸ترکیب Ganoderic acid C۲ و Ursolic Acid و Lupeol و Kuwanon B و glucoside-۸-Emodin و Adonitoxin وKuwanon E و Isohemiphloin برای مطالعات بعدی در بخش invivo و invitro پیشنهاد می شود.

کلیدواژه ها:

ویروس کرونا ، سارس کوو ۲ ، ترکیبات گیاهی ، اتصال مولکولی ، اتوداک وینا