تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی غنی سازی مجموعه های ژنی در حد فاصل مراحل تسهیم و بلاستوسیست توسعه جنینی گاو با استفاده از داده های ریز آرایه DNA
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 53، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_IJAS-53-1_006
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 179
نویسندگان
دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران
استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاروزی، دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران
استاد، گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران
استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرقدس، شهرقدس، ایران
چکیده
به منظور درک علل مرگ ومیر و همچنین قابلیت زنده مانی جنین گاو، شناخت مسیرهای متابولیکی و الگوهای بیان مجموعه ژنی مرتبط با مراحل حد فاصل تسهیم و بلاستوسیت ضروری به نظر می رسد. با این انگیزه در این پژوهش مجموعههای ژنی غنی سازی شده از یک سلول تخم تا مرحله ۱۶ سلولی و بلاستوسیست در توسعه جنینی گاو مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور، داده های خام ریزآرایه DNA از پایگاه داده GEO با دسترسی آزاد، پیاده سازی شدند. سپس، کاوشگرهای متفاوت بیان، با استفاده از نرم افزار برخط agriGO v۲.۰ و به روش تحلیل غنی سازی تکین (SEA)، غنی سازی شدند. نتایج این تحقیق به طور خلاصه، نشان داد که در مجموع، تعداد ۵ ژن؛ KPNA۷، RGS۲، TESC، MLLT۱۱، BMP۱۵ با افزایش بیان و همچنین، تعداد ۵ ژن؛ KRT۸، CLDN۶، PLAC۸، FN۱، KRT۱۸ با الگوی کاهش بیان، بیشترین میزان تفاوت بیان را نشان دادند (۰۵/۰P£). همچنین، در تجزیه و تحلیل SEA، ۳۹ مجموعه ژنی در مسیر فرآیندهای زیستی از جمله متابولیسم NADP، tRNA، ATP، و کاتابولیسم فسفولیپیدها، آپوپتوز و رشد سلول، گلیکولیز، میتوز، تعداد ۱۳ مجموعه ژنی در مسیر عملکردهای مولکولی مختلف شامل یون منگنز، rRNA، فعالیتهای اکسیداسیون سیتوکرومC، فاکتور آغازین ترجمه، ATP و فعالیت ATPase و در سطح مولفههای سلولی ۱۲ مجموعه ژنی از جمله غشای وزیکولهای سیتوپلاسم، غشای شبکه اندوپلاسمیک، میکروتوبول و اسپیندلها و غشای پلاسمائی بیشترین غنی سازی (۰۵/۰P£) را نشان دادند. به عنوان نتیجه گیری کلی، مجموعههای ژنی غنی سازی شده در بلاستوسیست نشان دهنده، آغاز فرآیند تمایز بین سلول ها و انتقال از حالت بلاستوسیست به سمت فرایند لانهگزینی است. در نهایت، چنین به نظر می رسد که تفاوت الگوی بیان مجموعههای ژنی و برهمکنش آنها در این مرحله احتمالا به زنده ماندن یا تحلیل جنین ختم میشود.کلیدواژه ها
بلاستوسیست, تسهیم, غنی سازی مجموعه های ژنی, گاو, لقاحاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.