پیشبینی و بررسی بیوانفورماتیکی توالی ژنی عوامل رونویسی WRKY۳۳،هMYB۳،ERF۱۵ و MYC۲a با استفاده از دادههای ترنسکریپتومی پایگاه داده SRA و TSA در گیاه سرخدار (Taxus baccata L.)

سرطان دومین عامل مرگ و میر در سراسر جهان محسوب میشود؛ هر ساله تقریبا از هر شش مرگ یک مورد بر اثر سرطان است. پاکلیتاکسل (تاکسول) با فعالیت منحصر به فرد در کنترل و درمان بسیاری از انواع سرطانها نقش دارد. پرکاربردترین داروی مورد استفاده در شیمی درمانی سبز پاکلیتاکسل است. درختان جنس Taxus به عنوان منبع طبیعی پاکلیتاکسل اهمیت دارند؛ سرخدار (Taxus baccata L.) از منابع اولیه و طبیعی پاکلیتاکسل است. سادهترین روش دستیابی به پاکلیتاکسل استخراج آن از منابع گیاهی است؛ اما منجر به نابودی منابع طبیعی میگردد. مهندسی متابولیک پتانسیل به دست آوردن مقادیر بیشتر پاکلیتاکسل را دارد. بهبود تولید میزان پاکلیتاکسل ضرورتا به عمق درک تنظیم مسیر بیوسنتز پاکلیتاکسل بستگی دارد. عوامل رونویسی در سلولهای یوکاریوتی تنظیم رونویسی را بر عهده دارند و با اتصال به عناصر سیس انباشته شدن اجزای بیواکتیو در گیاهان دارویی را افزایش میدهند. عوامل رونویسی از لحاظ دازهان و عملکرد بسیار متنوع هستند؛ اخیرا۰ تعدادی عوامل رونویسی تاثیر گذار در تنظیم رونویسی ژنهای مختلف مسیر بیوسنتزی پاکلیتاکسل از جمله WRKYها، MYBها، AP۲/ERFها و bHLHها گزارش شده اند. در این مطالعه، توالی ژنهای TbWRKY۳۳، TbMYB۳، TbERF۱۵ و TbMYC۲a در گیاه سرخدار توسط بررسیهای in silico پیشبینی شدند؛ بدین منظور ژنهای مرجع گیاه T. Chinensis در داده های SRA و TSA گیاه T. baccata جستجو شدند و خوانش های به دست آمده سرهم بندی شدند تا یک توالی محتمل ساخته شود. سپس توالی های ژنی توسط نرم افزارهای ORF Finder و MEGA۱۱ و توالیهای پروتئینی توسط پایگاه دمینهای حفاظت شده و Phyre۲ آنالیز شدند. نتایج نشان داد به ترتیب ژنهای TbWRKY۳۳، TbMYB۳، TbERF۱۵ و TbMYC۲a با طول ۲۴۲۱، ۸۸۵، ۱۱۰۹ و ۲۱۱۲ جفت باز و رمز کننده محصول به طول ۷۳۳، ۲۳۷، ۳۳۷ و ۶۳۴ اسید آمینه میباشند. نتایج ما به مطالعه تاثیر عوامل رونویسی بر الگوی بیانی ژنها و محصول نهایی مسیر بیوسنتز پاکلیتاکسل در گیاهان دارویی سرخدار کمک میکند.