شناسایی SNPها در ژن های پکتین استراز ۱ و پلی گالاکتوروناز گوجه فرنگی
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی، دوره: 14، شماره: 42
- کد COI اختصاصی: JR_JCB-14-42_015
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 154
نویسندگان
Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Urmia University
Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Urmia University
Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Urmia University
Department of Plant Biotechnology and Breeding, Faculty of Agriculture, University of Tabriz
چکیده
چکیده مبسوط مقدمه و هدف: گوجه فرنگی (Solanum lycopersicum L.) یکی از مهمترین گیاهان زراعی متعلق به خانواده Solanaceae می باشد. گوشتی بودن میوه از صفات مهم موثر در کیفیت میوه گوجه فرنگی بوده و توارث کمی دارد. از جمله ژنهای دخیل در گوشتی بودن میوه گوجه فرنگی ژنهای پکتین استراز ۱ (PE۱) و پلی گالاکتوروناز (PG) می باشد. با توجه به نقش مهم این ژنها در کیفیت میوه گوجه فرنگی، شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (SNPs) در مناطق کد کننده این ژنها برای تولید نشانگرهای عملکردی مرتبط با سفتی میوه ضروری می باشد. مواد و روش ها: در این مطالعه ۹۶ ژنوتیپ از ۱۲ جمعیت جمع آوری شده از مناطق مختلف استان آذربایجان غربی (ایران) و ترکیه در گلخانه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه کشت شد. برای شناسایی SNPها در ژن های PE۱ و PG، آغازگرهای اختصاصی با استفاده از نرم افزار FastPCR برای تکثیر قطعاتی از مناطق کدکننده این ژن ها در ۹۶ ژنوتیپ گوجه فرنگی طراحی شد. برای هضم قطعات تکثیر شده دو ژن از آنزیم های برشی Pst۱ و TruI استفاده شد. با توجه به عدم وجود چندشکلی در الگوهای برشی حاصل از هضم آنزیمی، چهار فرد از جمعیتهای مختلف انتخاب و قطعه تکثیری در این افراد خالص سازی و توالی یابی شد. بعد از بازیابی قطعه تکثیری هر ژن، شناساییSNPها با استفاده از همردیفی توالی های هر ژن با نرم افزار Clustal Omega انجام گرفت. یافته ها: بر اساس نتایج همردیفی، در ژن PE۱ چهار SNP شناسایی شد که ۷۵ درصد آنها از نوع همجنس با فراوانی ۵۰ درصد A/G، ۲۵ درصد T/C و ۲۵ درصد جهشها از نوع ناهمجنس C/A بود. در ژن PG شش SNP شناسایی شد که ۶۶/۷ درصد آنها از نوع همجنس با فراوانی ۳۳/۳ درصد A/G، ۳/۳۳ درصد T/C و ۳/۳۲ درصد جهش ها از نوع ناهمجنس با فراوانی ۱۶/۱۶ درصد T/A و ۱۶/۱۶ درصد G/C بود. نتیجه گیری: به طور کلی نتایج مطالعه حاضر نشان داد که میانگین تعداد SNPها در هر ۱۰۰ جفت باز از اگزون ژن های PE۱ و PG به ترتیب ۱/۲۲ و ۰/۴۱ است. همچنین فراوانیSNP ها در ژن PG کمتر از PE۱ بود. تعداد کم SNP های مشاهده شده در اگزون های هر دو ژن نشانگر حفاظت شدگی مناطق کد کننده این ژن ها در طول تکامل گوجه فرنگی می باشد. همچنین SNP های شناسایی شده در مطالعه حاضر می تواند در برنامه های اصلاحی گوجه فرنگی برای معرفی نشانگرهای عملکردی مرتبط با سفتی میوه مورد استفاده قرار گیرد.کلیدواژه ها
Fruit fleshiness, Single nucleotide diversity, Pectin esterase ۱ gene, Polygalacturonase gene, Tomato, تنوع تک نوکلئوتیدی, ژن پکتین استراز ۱, ژن پلی گالاکتوروناز, گوشتی بودن میوه, گوجهفرنگیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.