مطالعه پویش کل ژنومی صفات مرتبط با اسپرم بر پایه تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی در گاوهای نر هلشتاین

سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 184

فایل این مقاله در 8 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_RAP-13-35_019

تاریخ نمایه سازی: 3 مرداد 1401

چکیده مقاله:

چکیده مبسوط مقدمه و هدف: برخلاف ارزیابی باروری دام ­های نر که براساس رکوردهای فنوتیپی دام ­های ماده مانند نرخ آبستنی انجام می­شود، صفات اسپرم به طور مستقیم در دام­ های نر قابل اندازه­ گیری می­باشند. هدف پژوهش حاضر مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای آنالیز غنی­ سازی مجموعه ژنی جهت شناسایی مناطق ژنومی موثر بر صفات اسپرم گاوهای نر هلشتاین بود. مواد و روش­ ها:  بدین منظور، از اطلاعات ژنوتیپی ۱۵۰۸ راس گاو نر و داده­ های فنوتیپی صفات مرتبط با اسپرم شامل حجم انزال، میزان جنبندگی اسپرم، غلظت اسپرم، تعداد اسپرم و تعداد اسپرم متحرک در هر انزال استفاده گردید. ارزیابی پویش کل ژنومی با نرم­ افزار PLINK نسخه ۱/۹۰ انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt۲ برنامه R ژن­ های معنی­ داری که در داخل و یا ۱۵ کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی­ دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در مرحله بعد تفسیر مجموعه­ های ژنی با استفاده از بسته نرم افزاری goseq برنامه R و برای شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن­های نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا از طریق پایگاه­های برخط GO، DAVID و Panther استفاده گردید. یافته ­ها: در این پژوهش، تعداد ۱۱ نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم ­های ۱، ۲، ۵، ۷، ۸، ۱۵، ۱۸، ۲۰، ۲۱، ۲۵ و ۲۷ شناسایی شدند که ژن­ های SPEF۲، SEPT۱۲، SLC۲۴A، BSP۳، ETNK۱،ERBB۴  (میزان جنبندگی و تعداد اسپرم متحرک در هر انزال)،DSCAML ، MYH۳، RPM۱­، RPM۲، CAPSL  ­(تعداد و غلظت اسپرم)،  DMRT۱­و  PPARγ (حجم اسپرم) مرتبط بودند. برخی از این ژن­ ها در مناطق معنی­ دار با مطالعات مشابه پیشین هم خوانی داشت. در آنالیز غنی سازی مجموعه ژنی، تعداد ۱۵ مسیر هستی شناسی ژنی با صفات اسپرم مرتبط بودند. از این بین مسیرهای فرآیند متابولیکی نوکلئوتیدهای پورینی، هوموستازی یون کلسیم داخل سلولی و تنظیم باروری نقش مهمی با میزان جنبندگی و تعداد اسپرم متحرک در هر انزال داشتند. همچنین در ارتباط با حجم و غلظت اسپرم مسیرهای فعال­ کننده­ های تنظیمی یون کلسیم، مسیر سیگنال­دهی PPAR، مسیر سیگنال­دهی هورمون­ های استروئیدی و کانون چسبندگی ارتباط معنی ­داری داشتند. نتیجه ­­گیری: شناسایی ژن ­های کاندیدای موثر بر صفات اسپرم و انتخاب گاوهای نرها با استفاده از روش­ های نوین مبتنی بر انتخاب ژنومی، تاثیر قابل ملاحظه­ ای بر بهبود باروری و سود آوری مراکز اصلاح نژادی و کاهش قیمت­های نهایی تولید برای مصرف کنندگان خواهد داشت.

نویسندگان

حسین محمدی

Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture and Environmental science, Arak University, Arak, Iran

ابوذر نجفی

Department of Animal and Poultry Science, College of Aburaihan, University of Tehran, Tehran, Iran.

آرش جوانمرد

Department of Animal Science, Faculty of Agricultural Sciences, University of Tabriz., Tabriz, Iran.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Ashrafi, I., H. Daghigh Kia, G. Moghaddam and A. Saberivand. ...
  • Cochran, S.D., J.B. Cole, D.J. Null and P.J. Hansen. ۲۰۱۳. ...
  • Durinck, S., P.T. Spellman, E. Birney and W. Huber. ۲۰۰۹. ...
  • Gao, N., Y. Chen, X. Liu, Y. Zhao, L. Zhu, ...
  • Gholizadeh, M., Gh. Rahimi Mianji and A. Nejati Javaremi. ۲۰۱۴. ...
  • Gilmour, A. R., B.J. Gogel, B.R. Cullis and R. Thompson. ...
  • Guo, F., B. Yang, Z.H. Ju, X.G. Wang, C. Qi, ...
  • Jiang, W., H. Sun and J. Zhang. ۲۰۱۵. Polymorphisms in ...
  • Khaltabadi Farahani, A.H., H. Mohammadi and M.H. Moradi. ۲۰۲۰. Gene ...
  • Lin, Y.H., Y.Y. Wang, H.I. Chen, Y.C. Kuo, Y.W. Chiou, ...
  • Lin, Y.H., Y.C. Kuo, H.S. Chiang and P.L. Kuo. ۲۰۱۱. ...
  • Liu, S., H. Yin, C. Li, C. Qin, W. Cai, ...
  • Marques, D.B.D., J.W.M. Bastiaansen, M.L.W.J. Broekhuijse, M.S. Lopes, E.F. Knol, ...
  • Mousavi, M.S., A. Shahverdi, J. Drevet, V. Akbarinejad, V. Esmaeili, ...
  • Oud, M.S., B.J. Houston, L. Volozonoka, F.K. Mastrorosa, G.S. Holt, ...
  • Ortega, M.S., A.C. Denicol, J.B. Cole, D.J. Null and J.F. ...
  • Peñagaricano, F., K.A. Weigel, G.J. Rosa and H. Khatib. ۲۰۱۳. ...
  • Purcell, S., B. Neale, K. Todd-Brown, L. Thomas, M.A. Ferreira, ...
  • Serrano, M., M. Ramón, J.H. Calvo, M.Á. Jiménez, F. Freire, ...
  • Sweett, H., P.A.S. Fonseca, A. Suárez-Vega, A. Livernois, F. Miglior ...
  • Taylor, J.F., R.D. Schnabel and P. Sutovsky. ۲۰۱۸. Identification of ...
  • Vitti, M., G. Di Emidio, M. Di Carlo, G. Carta, ...
  • Wang, K., Z. Kang, E. Jiang, H. Yan, H. Zhu, ...
  • Walsh, S.W., E.J. Williams and A.C.O. Evans. ۲۰۱۱. A review ...
  • Xiaowei, M. ۲۰۱۶. Population level Genome-Wide Association Studies in Dairy ...
  • Yin, H., C. Zhou, S. Shi, L. Fang, J. Liu, ...
  • Young, M.D., M.J. Wakefield, G.K. Smyth and A. Oshlack. ۲۰۱۰. ...
  • نمایش کامل مراجع