A new mechanism in potassium channel blockage identified for a scorpion venom peptide
- سال انتشار: 1400
- محل انتشار: اولین همایش بین المللی و دهمین همایش ملی بیوانفورماتیک ایران
- کد COI اختصاصی: IBIS10_227
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 183
نویسندگان
Toxicology Research Center, Medical Basic Sciences Research Institute, Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences, Ahvaz, Iran
چکیده
Background: Scorpion venom is a source of ion channel modifier peptides with interesting pharmacologicalproperties. Here, in addition to reporting the structure of a peptide(meuK۲-۲), identified in the Mesobuthuseupeus venom gland, its interaction with Kv۱.۳ channel was also interpreted.Methods: Three-dimensional structure of meuK۲-۲ was generated using MODELLER and I-TASSER,PHYRE۲, Robetta servers. The best model was selected according to Z-score;and considered for furtheroptimization using MD simulation.Interaction of meuK۲-۲ with the Kv۱.۳ channel was also evaluated usingpeptide-protein docking experiments with HADDOCK software, subsequently pose clustering and also, ۱۰۰ns MD simulations using a protein-water system in the NVT ensemble by Gromacs to evaluate the bindinginteraction between meuK۲-۲ and Kv۱.۳.The final docked complexes were then subject to minimization withCHARMM force field and investigated key interacting residues, electrostatic interactions, binding freeenergies, folding pattern, hydrogen bond formation, hydrophobic contacts.Results: ۳-D structure of the meuK۲-۲ is composed of a cysteine-stabilized α-helical and β-sheet(CSα/β)folding.Two key residues and H-bonds are involved in the binding of meuK۲-۲ to Kv۱.۳.In a new mechanismmeuK۲-۲ binds to both turret and pore loop of the channel.The binding of meuK۲-۲ induces someconformational changes to Kv۱.۳. This is followed by occupation of the pore of the channel with the sidechain of a His۹ residue.Altogether blocks the ion permeation pathway.Conclusions: A new mechanism was predicted for channel blocking with meuK۲-۲.Since Kv۱.۳ plays asignificant role in human T cell activation, meuK۲-۲ have a potential for further investigations to develop asa pharmacological tool in treatment of autoimmune diseases.کلیدواژه ها
Mesobuthus eupeus; Venominvformatics; Potassium channel blocker; Homology modeling; Natural peptideمقالات مرتبط جدید
- تاثیرات ترکیبات زیست فعال دریایی بر لقاح مصنوعی در انسان
- مطالعه پروتز سینه و آزاد سازی کورکومین با امواج فراصوت از ریزوم زردچوبه به عنوان پروتز داربستی
- بررسی اثر ملاتونین و نانو ذره آهن بر روی برخی صفات مورفولوژیکی گیاه شنبلیله (.Trironella foenum graecum L)
- اثر همزیستی قارچ Trichoderma atroviride و نانوذرات آهن بر صفات مورفولوژیک و رویشی گیاه دارویی نعنا (.Menthe spicata L) تحت تنش شوری
- بررسی نقش آلودگی های زیست محیطی بر رفتار زیست محیطی مردم
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.