شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی در ژنوم اکوتیپ های مرغ شاخدار ایران برای مطالعه روابط فیلوژنتیکی و میزان همخونی
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 53، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_IJAS-53-1_005
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 125
نویسندگان
دانش آموخته کارشناسی ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
دانش آموخته دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
دانش آموخته دکتری تخصصی زیست فناوری، پژوهشکده زیست فناوری، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران
چکیده
هدف از انجام این پژوهش شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی اکوتیپ های مختلف مرغ گینه ای (مرغ شاخدار) در ایران می باشد. داده های ژنومی ۱۸ قطعه مرغ گینه ای مربوط به شش اکوتیپ مختلف ایران، شامل اکوتیپ های تبریز (آبی و خاکستری)، رشت، تبریز (سفید)، تلاقی رشت و تبریز (آبی و خاکستری)، شیراز و لار تهیه شد. توالییابی کل ژنوم نمونه های مرغ گینه ای به صورتPaired-End با طول خوانش ۱۲۵ جفت باز انجام شد. واکاوی فیلوژنی بر پایه روش های اتصال مجاورین و حداکثر درست نمایی انجام شد. میزان همخونی ژنومی با نرم افزار PLINK برای اکوتیپ ها با طول های مختلف از ژنوم برای شناسایی قطعات هموزایگوس به کار گرفته شد. تعداد ۴۸/۱۴ میلیون چندشکلی تک نوکلئوتیدی شناسایی شد. نتایج واکاوی فیلوژنتیکی با استفاده از هر دو روش نشان داد که دو اکوتیپ شیراز و لار بیشترین مشابهت ژنتیکی را دارند و سایر اکوتیپ ها در گروه های جداگانه ای قرار می گیرند. نتایج همخونی در سطح ژنوم نشان داد که اکوتیپ تبریز (سفید) دارای بیشترین و اکوتیپ تبریز (آبی و خاکستری) دارای کمترین میزان همخونی هستند. نتایج این پژوهش می تواند درک بهتری را از ساختار ژنتیکی اکوتیپ های مرغان شاخدار برای توسعه برنامه های بهنژادی ارایه نماید.کلیدواژه ها
آنالیز فیلوژنی, چندشکلی ژنتیکی, مرغ گینه ایاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.