مقایسه کارایی دو نشانگر کلروپلاستی (psbA-trnH و trnL-F) در تعیین روابط تبارزایی بین گونه های پلاخور (Lonicera spp.) در ایران
- سال انتشار: 1400
- محل انتشار: مجله علوم و فنون باغبانی ایران، دوره: 23، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_IRSHS-23-1_001
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 247
نویسندگان
Shahrekord University
Shahrekord University
Shahrekord University
Shahrekord University
چکیده
جنس Lonicera از تیره Caprifoliaceae، در زبان فارسی به نام های پلاخور، شونگ و یا پیچ امین الدوله (Honeysuckle) خوانده می شود. شناخت روابط بین گونه ای بر اساس روش های سنتی مانند ویژگی های ریخت شناسانه و ترکیب های شیمیایی گاهی نتایج متناقضی داشته اند. در مطالعه حاضر، به منظور بررسی کارایی رمزینه های DNA در تعیین روابط تبارزایی بین ۱۲ گونه از جنس Lonicera زیر کشت در مناطق مختلف ایران از رمزینه های DNA کلروپلاستی (psbA-trnH و trnL-F) استفاده شد. محتوای DNA ژنومی با استفاده از کیت های موجود استخراج و به منظور تکثیر دو ناحیه مورد نظر واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) انجام شد و در نهایت نمونه های خالص سازی شده توالی یابی گردیدند. نتایج نشان دادند که طول منطقه psbA-trnH و trnL-F به ترتیب در حدود ۴۳۵-۴۲۰ و ۹۵۰-۹۴۰ نوکلئوتید است. واکاوی پارسیمونی ناحیه psbA-trnH و trnL-F به ترتیب ۳۸۲ و ۸۸۶ جایگاه حفاظت شده، ۵۵ و ۷۱ جایگاه متغیر و ۱۵ و ۱۶ جایگاه پارسیمون را نشان دادند. در درخت تبارزایی ایجاد شده با ناحیه psbA-trnH، بیشترگونه ها به جز L. korolkovii و در ناحیه trnL-F، دو گونه L. korolkovii و L. maackii به خوبی از یکدیگر متمایز شده و در شاخه های متفاوت قرار گرفتند. تنوع و فاصله ژنتیکی (۰۰/۰ تا ۲۰۹/۰) بین گونه ها در ناحیه psbA-trnH بیشتر از فاصله ژنتیکی (۰۰/۰ تا ۰۲۷/۰) ناحیه trnL-F بود. بنابراین، ناحیه psbA-trnH با توجه به تنوع و تکثیر آسان، رمزینه مناسبی برای بررسی تنوع ژنتیکی گونه های پلاخور است.کلیدواژه ها
Barcode regions, Phylogeny, Molecular marker, Honeysuckle, نواحی رمزینه, فیلوژنی, نشانگر مولکولی, امین الدولهاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.