مقایسه اثر ضد ویروسی پپتید لاکتوفرین شتری (CLF۳۶) و داروهای نسل جدید بر علیه ویروس هپاتیت C
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 14، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-14-2_002
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 145
نویسندگان
دانشجوی دکترا، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.
مشهد - دانشگاه فردوسی مشهد - گروه علوم دام
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد
چکیده
هدف: عفونت هپاتیت C یکی از شایع ترین بیماریهای عفونی مزمن در جهان میباشد و سالانه حدود ۳ تا ۵ میلیون نفر به این عفونت مبتلا میگردند. متاسفانه با وجود پیشرفتهای اخیر، هنوز هم مشکلات گستردهای برای درمان این افراد وجود دارد و بسیاری از نیازها برآورده نشده است. در نتیجه نیاز مبرمی به استراتژیهای درمانی موثرتری برای درمان این بیماری میباشد. یکی از این رویکردهای درمانی جدید، استفاده از پروتئینهای نوترکیب است، که هیچ گونه اثرات جانبی برای بیمار نداشته و در عین حال نیز ارزان و قابل دسترس میباشد. در نتیجه هدف از انجام این مطالعه، بررسی اثر ضد ویروسی پپتید نوترکیب CLF۳۶ مشتق شده از لاکتوفرین شتری بر علیه ویروس هپاتیت C در شرایط برون تنی میباشد. مواد و روش ها: در این مطالعه، ساختارهای سهبعدی پروتئازهای ویروس هپاتیت C (NS۲, NS۳, NS۴A, NS۵A و NS۵B) و پپتید نوترکیب CLF۳۶، تهیه شد. ساختار شیمیایی داروهای ضد ویروسی نیز از پایگاه PubChem دانلود شد. به منظور بررسی پایداری ساختارهای پیشبینی شده، شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم افزار GROMACS نسخه ۲۰۱۹ و در مدت زمان ۱۰۰ نانوثانیه انجام شد. سپس به منظور بررسی خاصیت ضد ویروسی پپتید، داکینگ مولکولی برای پپتید و داروها در شرایط استاتیک و با استفاده از نرم افزارهای Cluspro و HADDOCK انجام شد. به منظور بررسی پایداری کمپلکسها، کمپلکسهای با مقادیر منفیتر انرژی آزاد اتصال، جهت انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی انتخاب شدند. در نهایت نتایج به دست آمده، در شرایط دینامیکی در نرم افزار گرومکس مورد بررسی قرار گرفت. سپس پپتیدهای مهندسی شده با توجه به نتایج طراحی شدند و توالی بهترین پپتید مهندسی شده جهت سنتز ارسال شد. پس از انجام کلون و بیان پپتید نوترکیب در میزبان مخمری، میزان IC۵۰ پپتید بر روی رده سلول کبد Huh۷/۵ مشخص شد و سلولهای آلوده به ویروس با پپتید مورد نظر تیمار شدند و پس از استخراج RNA از سلولها، لود ویروس در نمونهها با استفاده از روش Real time PCR سنجیده شد. نتایج: از بین نتایج بهدست آمده از داکینگهای مختلف انجام شده بین پروتئازهای ویروس و پپتید نوترکیب و داروهای تجاری، مشخص شد که قدرت اتصال پپتید (به طور میانگین ۹۲/۹۹-) در مقایسه با سایر داروها (به طور میانگین ۵۴/۶۱-) بسیار بیشتر میباشد و این امر بیانگر خاصیت ضد ویروسی بالای پپتید نوترکیب است. نتایج به دست آمده از دینامیک مولکولی نشان داد که مقادیر RMSD و پیوندهای هیدروژنی و انرژی اتصال، برای پپتید CLF۳۶ متصل به پروتئازهای ویروس در مقایسه با سایر داروها، حاکی از اتصال قویتر این پپتید میباشد. علاوه بر این، پپتید مهندسی شده نیز در مقایسه با پپتد طبیعی، فعالیت ضد ویروسی قوی تری را نشان داد (انرژی اتصال ۸ واحد قوی تر بود). بررسی عملکرد پپتید در شرایط آزمایشگاهی نیز نشان داد که این پپتید در مقایسه با داروها اثر ضد ویروسی قوی تری دارد به صورتی که توانسته بود به طور کامل از تکثیر ویروس در سلولها جلوگیری کند. نتیجه گیری: نتایج نهایی به دست آمده از این مطالعه، بیانگر این بود که پپتید نوترکیب مهندسی شده، خاصیت ضد ویروسی قوی دارد. هرچند که برای تایید این نتایج، نیاز به انجام مطالعات آزمایشگاهی تکمیلی میباشد.کلیدواژه ها
لاکتوفرین شتری, هپاتیت C, دینامیک مولکولی, پپتید نوترکیباطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.