شبیه سازی دینامیک مولکولی و بررسی تاثیر دما بر گلیکوپروتئین موجود در ویروس کرونا

زمینه: در سالهای اخیربدلیل پیشرفت تکنولوژی و دنیای نرم افزاراین امکان برای بشر فراهم آمده است که بتواندبا استفاده از دنیای کامپیوتر ونرم افزارهای شبیه سازی، بسیاری از مسائل پیش روی خود راحل کند.اهداف : تخمین خواص گلیکوپروتیین موجود در ویروس کووید با ساختار مولکولیC۳۰ O۹ N Br۳ H۲۴ و همچنین تخمین تاثیردما بر پبوندهای گلیکوپروتیین موجود در ویروس و مشاهده اینکه تغییرات دمایی چه تاثیراتی میتواند بر تغییرات آنتالپی و حجم سیستم داشته باشد که نهایتا امکان شناخت هرچه بهتر و دقیق تر این ویروس همه گیر را داشته باشیم.روش: با توجه به روابط بین مولکول های گلیکوپروتیین موجود در ویروس کرونا و همچنین فیزیک نیوتنی حاکم بین مولکول ها، در این پژوهش با استفاده از شبیه سازی دینامیک ملوکولی از طریق نرم افزار Lammps به بررسی موقعیت مکانی مولکولها، تحت تاثیر نیروهای برهمکنشی و پیوندی یکدیگر در دماهای مختلف پرداخته شده است. از طریق بررسی جابجایی این مولکول ها به آنتالپی سیستم، تغییرات حجم و تغییرات انرژی سیستم می توان پی برد.یافته ها: در این پژوهش با استفاده از برنامه نویسی و مغز محاسباتی لمپس با استفاده از هنگرد NPT با تعریف دما و فشار و تعداد مولکول، خروجی هایی نظیر تغییرات آنتالپی و حجم سیستم بدست آمد.نتیجه گیری: در این پژوهش نهایتا مشخص شد که در دماهای بالا میزان بی نظمی سیستم به شکل چشمگیری افزایش یافته و همچنین حجم سیستم افزایش می یابد که همگی دلالت بر این موضوع دارند که گلیکوپروتئین موجود در ویروس کووید در مقابل تغییرات دمایی افزایشی ضعیف بوده و امکان فروپاشی آن وجود دارد.

کلیدواژه ها:

دینامیک ملوکولی ، گلیکوپروتئین ، تغییرات آنتالپی ، لمپس