شناسایی و دسته بندی دقیق تر گونه های میکروبی با استفاده از روش ژنتیکی جدید ILLUMINA از نمونه های توده ای حاصل از کوه قلعه کاظم خان دریاچه ارومیه ایران

مقدمه: باکتری های خاکزی فراوان ترین و متنوع ترین موجودات روی کره زمین می باشند که متاسفانه به علت بکارگیری روش های قدیمی و همچنین به علت محدود بودن بکارگیری اطلاعاتی ژنومی مربوط به بخش ۱۶ S Rran شناسایی و جداسازی تعداد قابل توجهی از آنها میسر نبوده است. امروزه با استفاده از روش های مربوط به نسل جدید توالی یابی و با استفاده از کیت های اختصاصی با قدرت تمایز بالای ژنومی امکان شناسایی و جداسازی تعداد بیشتری از این میکروارگانیسم ها فراهم شده است. روش کار: از سه ارتفاع مختلف مربوط به کوه - قلعه کاظم خان که در ساحل دریاچه ارومیه قرار دارد نمونه برداری شده و با رعایت استانداردهای مربوط به نمونه های محیطی، به آزمایشگاه انتقال داده شدند. در این مطالعه از کیت مخصوص جداسازی ژنوم جوامع میکروبی استفاده شده و پس از بررسی کیفیت ژنومی، از روش Illumina و استفاده همزمان از چندین ژن ۱۶ S Rrna در جایگاه های مختلف، به شناسایی باکتری های موجود در نمونه های خاک پرداخته شده است. بحث و نتیجه گیری: تعداد ۳۶۳۷ گونه مختلف باکتریایی از این سه نمونه و براساس اطلاعات ژنومی، جداسازی شدند که تعداد بسیار زیادی از آنها برای اولین بار در این نطقه از جغافیای کشور شناسایی شدند. همچنین تعدادی گونه منحصر به فرد با فراوانی بالا و با میانگین ۹۸۰۹ مورد در بین سه نمونه، نیز درمیان داده های به دست آمده مشاهده می شود که نیازمند بررسی های بیشتر می باشند. میانگین تعداد OUT های شناسایی شده در این پژوهش ۱۳۱۹ مورد می باشد. با توجه به نتایج به دست آمده، بکارگیری روش های جدید شناسایی میکروبی ، می تواند منجر به شناسایی کامل میکربیوم اکوسیستم های منحصر به فرد گشته و امکان بسط و حفاظت آنها از انقباض گونه ای وایجاد مشکل در نیچ میکروبی فراهم می گردد.

کلیدواژه ها:

کوه ، قلعه کاظم خان ، دریاچه ارومیه ، باکتری های خاکزی ، Illumina