بررسی تنوع باکتری های اپی فیتیک در ذرت و یونجه با استفاده از سیستم توالی یابی پرتوان Illumina MiSeq/NovaSeq

برای بررسی تنوع باکتری های اپی فیتیک در ذرت (ذرت زی) ویونجه (دانه مدیکاگو) جمع شده در شهر هنگشویی و شهر ژینکتای، استان هبی، چین وکشف محصولات مناسب برای سیلوی طبیعی سیستم توالی یابی با توان بالای Illumina MiSeq/NovaSeq برای انجام توالی یابی جفتی قطعات دی ان ای جامعه از سطح ذرت و یونچه جمع آوری شده در شهرهای هنگشویی و ژینکتای استفاده شد. برای مرتب سازی و محاسبه تعداد توالی ها و واحدهای طبقه بندی برای هر نمونه از نرم افزارهای QIIME۲ , R استفاده شد. پس از آن شاخص سازی تنوع آلفا و بتا در سطح گونه محاسبه شد و فراوانی و توزیع گونه ها مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. و بین نمونه ها مقایسه شد. در سطح شاخه بندی گروه های غالب پروتئوباکتری ها ۷۰ درصد، فیرمیکوت ها ۱۳ درصد اکتینوباکتری ها ۹ درصد، و باکتروئیدها ۷ درصد بودند. در این میان جنس های غالب سودوموناس ۸ درصد، اسینوباکتر ۴ درصد، کرایزوباکتریوم ۳ درصد و هیمنوباکتر ۱ درصد بودند. انتروباکتریاسه ۲۴درصد غالب ترین باکتری در هر دونمونه ذرت و یونجه بود. تجزیه و تحلیل تنوع الفا و شاخص های تنوع بتا نشان داد که تنوع جوامع میکروبی اپی فیتیک به طور قابل توجهی تحت تاثیر گونه های گیاهی قرار گرفته است. اما نه تحت تاثیر منطقه، تنوع وغنای جامعه بتکتریایی اپیفیتیک یونجه به طور قابل توجهی بالاتر از ذرت بود. این مطالعه به گسترش دانش درمورد تنوع باکتری های اپی فیتیک در ذرت و سیلوی یونجه کمک می کند و مبنایی برای انتخاب مواد خام فراهم می کند.

کلیدواژه ها:

تنوع باکتریایی ، یونجه ، ذرت.