مطالعه توزیع آماری اثرات QTL بر صحت ارزش های اصلاحی ژنومی برآورد شده با روش Bayesian
- سال انتشار: 1394
- محل انتشار: فصلنامه پژوهشهای علوم دامی ایران، دوره: 7، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_JASR-7-3_012
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 293
نویسندگان
شهید باهنر کرمان
دانشگاه شهید باهنر کرمان
دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهر قدس
دانشگاه باهنر کرمان
چکیده
هدف تحقیق بررسی اثر دو توزیع گاما و بتا به طور جداگانه بر صحت ارزیابی ژنتیکی بود. به این منظور ژنومی متشکل از ۱۰ کروموزوم هر یک به طول ۲۰۰ سانتی مورگان شبیه سازی شد. نشانگرها بر روی ژنوم با فواصل ۲/۰ سانتی مورگان طراحی شدند و جایگاه های ژنی موثر بر صفات بر روی ژنوم با توزیع تصادفی و تعداد متغیر شبیه سازی شدند و تنها اثرات افزایشی ژن ها در نظر گرفته شد. در ابتدا جمعیت پایه ای از حیوانات با اندازه موثر ۱۰۰ شبیه سازی شد و این ساختار جمعیتی برای ۵۰ نسل با آمیزش تصادفی ادامه یافت تا عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTL ایجاد شود. پس از این اندازه جمعیت به ۱۰۰۰ فرد در نسل ۵۱ (نسل مرجع) گسترش یافت. در نسل مرجع براساس اطلاعات ژنومیک و فنوتیپی اثرات نشانگری محاسبه گردید. در نسل ۵۲ تا ۵۷ (نسل هدف) ارزش اصلاحی محاسبه شد. نتایج نشان داد که در همه توزیع ها هر چه از جمعیت مرجع دور می شویم، با افزایش نسل ها از نسل ۵۱ به ۵۷ صحت برآورد ارزش اصلاحی ژنومی کاهش مییابد. همچنین وراثت پذیری بالا (۲/۰) نسبت به وراثت پذیری پایین (۰۵/۰) در تعداد QTL مشابه از صحت بیشتری برخوردار می باشد. در مقایسه توزیع ها در وراثت پذیری پایین، با تعداد ۱۰ QTL، توزیع گاما ۲، با تعداد ۲۰ QTL، توزیع گاما ۱ و با تعداد ۵۰ و ۱۰۰ QTL توزیع بتا برآوردها صحت بیشتری در دو روش Lasso و Ridge داشتند؛ در وراثت پذیری بالا، با تعداد ۵۰ و ۱۰۰ QTL توزیع گاما ۲ در دو روش Lasso و Ridge برتری داشت. به طورکلی توزیع گاما باعث افزایش صحت برآورد ارزش اصلاحی ژنومی شد.کلیدواژه ها
ارزش اصلاحی, انتخاب ژنومی, توزیع QTL, صحتاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.