بررسی بیوانفورماتیکی miRNA های موثر بر برخی از ژن های خانواده سلولز سینتاز (CESA) موجود درکلزا (.Brassica napus L)

کلزا (.Brassica napus L) به دلیل دارا بودن ۴۰ تا ۴۵ درصد روغن در هر دانه، سومین منبع بزرگ روغن نباتی در جهاناست. سلولز به عنوان برجسته ترین بخش تحمل بار بسیاری از دیواره های سلولی گیاه، نقش محوری در ریخت زایی واستحکام مکانیکی گیاه دارد. علاوه بر این سلولز توسط یک کمپلکس گسترده سلولز سینتاز (CESA) سنتز می شود.miRNA ها از عوامل کلیدی تنظیم کننده بیان ژن پس از رونویسی در موجودات یوکاریوتی هستند. در این مطالعهmiRNA های موثر بر ژن های خانواده CESA در کلزا که شامل ۸ نوع ژن است (CESA۴ ،CESA۳ ،CESA۲ ،CESA۱،CESA۸ ،CESA۷ ،CESA۶ ،CESA۵) مورد بررسی قرار گرفت و به صورت بیوانفورماتیکی و با استفاده از پایگاه دادهNCBI و نرم افزار تحت وب psRNATarget شناسایی شدند. و در انتها ارتباطات بین ژن های هدف و miRNA هایوابسته آنها به صورت نقشه در نرم افزار Cytoscape ترسیم شد. براساس نتایج بدست آمده در این مطالعه، برای ژن هایمذکور تعداد ۳۵ نوع microRNA در خانواده Brassicaceae شناسایی شد که بیشترین آنها به ترتیب شامل خانوادهmiR۳۹۵ و miR۱۵۶ و پس از آن ها miR۸۵۴ ، miR۱۶۴ و miR۳۹۷ بودند. از ۳۵ نوع microRNA شناخته شده، فقطسه خانواده miR۶۰۲۸ ،miR۸۳۸ ،miR۸۵۴ از سیستم ترجمه و بقیه از سیستم برشی استفاده می کنند.

کلیدواژه ها:

براسیکاسه ، خانواده CESA ، دیواره سلولی ، سلولز