تجزیه و تحلیل RNA-Seq گوجه وحشی مقاوم در پاسخ به بیماری شانکر باکتریایی گوجه فرنگی

  • سال انتشار: 1400
  • محل انتشار: هفدهمین کنگره ملی و سومین کنگره بین المللی علوم زراعت و اصلاح نباتات ایران
  • کد COI اختصاصی: NABATAT17_273
  • زبان مقاله: فارسی
  • تعداد مشاهده: 301
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

زهرا زینتی

بخش اگرواکولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی داراب

چکیده

بیماری شانکر باکتریایی گوجه فرنگی یکی از مخربترین بیماری های گوجه فرنگی محسوب می شود. با توجه به اهمیت اینبیماری، شناسایی ژن های مرتبط با مقاومت جهت ایجاد ارقام مقاوم ضروری به نظر می رسد. به این منظور، داده های توالی یابیRNA مربوط به شش نمونه برگ گوجه وحشی (Solanum arcanum) مقاوم در پاسخ به عامل شانکر باکتریایی گوجه توسطابزارهای مختلف پلتفرم https://usegalaxy.org) Galaxy) از جمله htseq-count, HISAT۲, Trimmomatic, FastQC وDESeq۲ مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج حاصل بیان افتراقی ۱۱۷۷ ژن را در ۲۴ ساعت پس از تلقیح با عامل بیماری زا نشان داد. توالی های پروتئینی مربوط به این ژن ها از پایگاه داده ی Ensembl Plants (https://plants.ensembl.org/info/data/ftp/index.html) دریافت و در مقابل توالی عوامل رونویسی موجود در پایگاه داده یbin/itak/index.cgi-http://itak.feilab.net/cgi) iTAK) بلاست شدند. بر اساس نتایج، ۸۹ ژن رمزکننده عامل رونویسی درپاسخ به عامل بیماریزا تغییر بیان نشان دادند که در میان آنها ژنهای Solyc۰۵g۰۰۸۲۳۵ ، Solyc۰۸g۰۸۲۸۹۰ ،Solyc۱۲g۰۴۹۴۰۰ ، Solyc۰۱g۰۹۰۵۶۰ ، Solyc۱۱g۰۱۱۰۳۰ و Solyc۱۲g۰۰۹۲۲۰ دارای بیشترین تغییرات و افزایش بیانبودند. همچنین بررسی آنتولوژی عوامل رونویسی مذکور، نقش ژن های Solyc۱۲g۰۰۹۲۲۰ و Solyc۱۲g۰۴۹۴۰۰ را در پاسخدفاعی به باکتری و نقش ژن Solyc۰۱g۰۹۰۵۶۰ را در سنتز دیواره سلولی گیاهی نشان داد. این عوامل رونویسی به عنوانکاندیدهای بالقوه در پاسخ دفاعی به بیماری شانکر باکتریایی پیشنهاد می شوند.

کلیدواژه ها

آنتولوژی ژن، عامل رونویسی، گوجه فرنگی، RNA-Seq

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.