مقایسه پروفایل بیان افتراقی ژن های کاندیدا مرتبط با صفت باروری در گاوهای هلشتاین با استفاده از دیدگاه ترانسکریپتوم و مبتنی بر فناوری RNA-Seq
- سال انتشار: 1400
- محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 52، شماره: 4
- کد COI اختصاصی: JR_IJAS-52-4_001
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 171
نویسندگان
دانشجوی دکتری تخصصی، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
دانشیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
دانش آموخته دکتری، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
محقق، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و علوم محیط زیست، دانشگاه جورجیا، جورجیا، ایالات متحده آمریکا
استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران
استاد، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
چکیده
انتخاب ژنتیکی برای افزایش تولید شیر و سودآوری اقتصادی در صنعت گاوهای شیری با کاهش عملکرد تولیدمثلی از جمله کاهش زنده مانی رویان و افزایش از دست رفتن آبستنی همراه بوده است. در پژوهش حاضر، هدف اصلی، استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت آندومتریوم و جسم زرد دو دسته از گاوهای شیری هلشتاین با باروری بالا و پایین، به منظور شناسایی ژن های موثر در حفظ باروری به ویژه اوایل دوره آبستنی است. در تجزیه داده های RNA-Seq برای مقایسه بیان ژنی، ۴۵۳۸ ژن استخراج شد که در مجموع ۱۴۶۶ ژن تفاوت بیانی معنی داری نشان دادند (P< ۰.۰۰۰۰۰۱, Fold change< ۰.۵). سپس با مقایسه ژن های مربوطه در میان پروفایل های ترانسکریپتوم، ژن های مشترک بین بافت آندومتریوم (روزهای هفت و ۱۳ چرخه فحلی) و جسم زرد (در روز ۱۳ چرخه فحلی) شامل ژنهای SYNM، PARM۱، NXPE۲، NT۵DC۳، COL۴A۳، COL۱۲A۱، ALPK۳، ADAMDEC۱، SERPINA۱۴، S۱۰۰A۹، PI۱۶، OAS۱X، MSTN، MASP۱، CD۸۳، CA۲، C۲، C۵، JSP.۱ و SAA۳ مشخص شدند. بررسی نتایج حاشیه نویسی این ژن ها ثابت کرد که در فرآیند اصلی مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ مرتبط با سیستم حمل و نقل یونی، التهاب، عملکرد سیستم ایمنی بدن و ساختار ماتریس سلولی دارای نقش می باشند. پژوهش حاضر می تواند بینش جدیدی از شواهد مولکولی در راستای سازوکارهای زیستی پروفایل ترانسکریپتوم در محیط رحم و بیومارکرهای مرتبط با باروری در گاوهای شیری ارائه دهد.کلیدواژه ها
آندومتریوم, باروری, ترانسکریپتوم, جسم زرد, گاوهای هلشتایناطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.