مژگان قاسمی ساب - گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه رازی،کرمانشاه، ایران.
شیدا ورکوهی - گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران.
محمد حسین بناءبازی - بخش پژوهشهای بیوتکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی،کرج، ایران.

  مطالعه در سطح ترانسکریپتوم می­تواند فاصله بین ژنوتیپ و فنوتیپ را پر نموده و به درک ساز وکارهای تبدیل توالی به عملکرد کمک نمایند. در این مطالعه به منظور کشف چند شکلی­های تک­نوکلئوتیدی (SNP) از داده­های RNA-Seq دو جمعیت گاوهای هلشتاین آمریکا (Bos taurus) و کلیستانی پاکستان (Bos indicus) استفاده شد. کنترل کیفیت و ویرایش داده­ها توسط نرم افزار­های FASTQC و Trimmomatic انجام شد. با همردیفی و مکان­یابی خوانش­های RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع گاو با استفاده از نرم افزار TopHat۲، ترانسکریپتوم تشکیل شد، سپس با استفاده از بسته نرم­افزاری Samtools­، آنالیز کشف SNP بر روی ترانسکریپتوم صورت گرفت که منجر به شناسایی ۵۰۱۸۳ و ۱۳۷۹۵۴ جایگاه SNP به ترتیب در گاوهای هلشتاین و کلیستانی شد، که ۱۵۳۰۸ جایگاه مشترک بود. ارتباط مستقیمی بین تعداد SNP­های یافت شده و طول کروموزوم­ها مشاهده نشد. همچنین ۱۲ نوع SNP شناسایی شد که چهار نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل و هشت نوع جایگزینی نوکلئوتیدی غیر عامل بودند. شایعترین SNP­های شناخته شده، از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل بودند، که ۶/۷۰­% در نژاد کلیستانی و ۶/۶۹­% در نژاد هلشتاین وجود داشت. درمطالعه حاضر ۱۲ نوع SNP شناسایی شد. چهار نوع از SNP­ها، از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل وهشت نوع جایگزینی نوکلئوتیدی غیر عامل بودند. شایعترین SNP­های شناخته شده، SNP­های از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل بودند، که به ترتیب ۶/۷۰­% SNP­ها در نژاد کلیستانی و ۶/۶۹­% SNP­ها در نژاد هلشتاین را شامل شد. نسبت جایگزینی نوکلئوتیدی عامل به غیر عامل (Ts/Tv) SNP­ها در نژاد کلیستانی برابر با ۴/۲ و در نژاد هلشتاین برابر با ۳/­۲ بود. 

ترانسکریپتوم, جایگزینی نوکلئوتیدی, چند شکلی تک نوکلئوتیدی, داده های RNA-Seq