سرهم بندی ترنسکریپتوم و شناسایی ها در زعفران برای مطالعه تنوع ژنتیکیEST-SSR

گیاه زعفران ژنوم بزرگ و پیچیده ای دارد، در نتیجه مطالعات ژنتیکی بر روی این گیاه با محدودیت مواجه است. همچنین به دلیل تکثیر رویشی، تنوع ژنتیکی در این گیاه کم است. مارکرهای EST-SRR مزایایی از جمله هم غالبیت، اختصاصیت برای لوکوس خاص و پلی مورفیسم بالا نسبت به مارکرهای دیگر دارند. با توجه به دردسترس بودن داده های ترنسکریپتوم، امکان شناسایی مارکرهایEST-SSR برای مطالعات پلی مورفیسم درگیاه زعفران وجود دارد جهت توسعه مارکرهای EST-SSR برای مطالعات پلی مورفیسم در گیاه زعفران وجود دارد. جهت توسعه مارکرهایEST-SSR داده هایRNA-Seqگیاه زعفران از NCBI دریافت شدند. سپس کنترل کیفیت و پیرایش داده ها به ترتیب توسط ابزارهای FastQC و Trimmomatic انجام گرفت. با استفاده از این داده ها و ابزارRNA-Bloom، سرهم بندی ترنسکریپتوم انجام گرفت. ابزار CD-HIT-ESTبرای حذف ترنسکریپت های مشابه و تکراری، استفاده شد. کیفیت ترنسکریپتوم با استفاده از BUSCO مورد ارزیابی قرار گرفت و در صد ترنسکریپت های کامل، حدود ۹۰ درصد به دست آمد. پس از دستیابی به ترنسکریپتوم با کیفیت در زعفران، از نرم افزار MISA برای شناساییEST-SSRها در ترنسکریپتوم استفاده شد و توالی های دارای SSR شناسایی شدند. طراحی پرایمر با استفاده از نرم افزار Primer۳ برای توالیهای EST-SSR، انجام شد. تعداد ۳۵۴۵۹ توالی SSR شناسایی شدند و پرایمر برای آنها طراحی گردید. از تعداد ۱۰ جفت پرایمر که برای تکثیر PCR روی DNA زعفران انتخاب شدند، ۷ جفت پرایمر در اندازه پیش بینی شده تکثیر شدند که نشان از کارایی ۷۰ درصدی مار کر دارد. این پرایمرهای طراحی شده، مارکرهای EST-SSR هستند که در مطالعات ژنتیکی زعفران بسیار کاربردی می باشند.

کلیدواژه ها:

نشانگرتنوع ژنوتیپی ، پلی مورفیسم زعفران ، بیوانفورماتیک ، داده ترنسکریپتومEST-SSR ،