ژنوتایپینگ بیست و پنج SNP اتوزومال با درجه آگاهی بخش بالا در جمعیت استان خوزستان با استفاده از روش SNapShot
- سال انتشار: 1396
- محل انتشار: فصلنامه دانش زیستی ایران، دوره: 12، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_ZISTI-12-3_001
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 241
نویسندگان
گروه ژنتیک و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد ورامین-پیشوا، ورامین، ایران
مرکز تحقیقات ژنتیک انسانی، دانشگاه علوم پزشکی بقیه الله (عج)، تهران، ایران
گروه ژنتیک و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد ورامین-پیشوا، ورامین، ایران
چکیده
استفاده از پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی (SNPs) در تشخیص هویت ژنتیکی کاربردهای گسترده ای را نشان داده است. در جمعیت ایرانی جهت ارزیابی فرکانس آللی و نیز تعیین تنوع ژنتیکی SNP ها بر مبنای پایگاه SNIPforID مطالعات محدودی گزارش شده است. مطالعه حاضر با هدف بررسی تنوعات ژنتیکی، تعیین فراوانی آللی و ارزیابی هتروزیگوسیتی، به طور همزمان در بیست و پنج جایگاه SNP اتوزومال آگهی بخش در استان خوزستان با تکنیک SNapShot اجرا شد.در مطالعه حاضر، نتایج ارزیابی های بیوانفورماتیکی نشان داد حداقل ۲۵ جایگاه SNP اتوزمال قدرت تمایز بین قومیت های ایرانی را داشتند. استخراج DNA از نمونهی خون ۵۰ نفر از افراد با قومیت عرب با روش فنول-کلروفورم انجام شد. تعیین ژنوتیپ SNP های منتخب با استفاده از روش SNapShot با دستگاه ژنتیک آنالایزر اجرا شد. آنالیز های آماری همچون فرکانس اللی و تعادل هاردی واینبرگ با استفاده از نرم افزار های Arlequine ۳.۵ و GenALEX ۶.۵ محاسبه شد. میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده برابر با ۴۴۲/۰ بود. کمترین هتروزیگوسیتی محاسبه شده مربوط به rs۲۰۵۶۲۷۷ به میزان ۰۸۰/۰ به دست آمد. کمترین فرکانس اللی برای rs۲۰۵۶۲۷۷ برابر با ۰۴۰/۰ محاسبه شد. مجموع فرکانس آللی SNP های مورد مطالعه از تعادل هاردی-واینبرگ به استثناء rs۹۳۸۲۸۳, rs۱۴۱۳۲۱۲ و rs۳۵۴۴۳۹ انحراف نشان دادند. ارزیابی همزمان ۲۵ جایگاه اتوزمال SNP توانایی ایجاد تمایز بین قومیت های درون جمعیتی را دارد. نتایج نشان داد قومیت عرب از نظر ژنتیکی با قومیت های لر، فارس و کرد مشابه می باشد. روش SNapShot از حساسیت و اختصاصیت مناسبی جهت ژنوتایپینگ SNP هابه طور همزمان برخودار بود.کلیدواژه ها
پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی (SNP), روش SNapShot, قومیت عرب, صفحه تارنمای SNPforIDاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.