دسته بندی اسید های آمینه ی هلیکس های غشایی در پروتئین انتقال دهنده ی سروتونین انسانی
- سال انتشار: 1396
- محل انتشار: مجله علمی پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی ایلام، دوره: 25، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_SHIMU-25-3_006
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 433
نویسندگان
Dept of Cell and Molecular Biology, Tehran University, Tehran, Iran
Institute of Biochemistry and Biophysics, Tehran University, Tehran, Iran
Institute of Biochemistry and Biophysics, Tehran University, Tehran, Iran
Institute of Biochemistry and Biophysics, Tehran University, Tehran, Iran
چکیده
مقدمه: پروتئین انتقال دهنده ی سروتونین انسانی (۵-HTT) اهمیت بالایی در مطالعات طراحی دارو دارد و به تازگی شش ساختار حاصل از کریستالو گرافی از آن در دسترس قرار گرفته است. در این پژوهش با استفاده از دو مورد از این ساختار ها و دو مدل ساخته شده به روش همولوژی، به مطالعه ی ترکیب اسید های آمینه ی ۵-HTT پرداخته شده است تا درک بهتری از نقش ساختاری و عملکردی هلیکس های غشایی در انتقال دهنده ها، و هم چنین مزایا و معایب استفاده از مدل های همولوژی در این مطالعات مشخص شود. مواد و روش ها: ابتدا نواحی هلیکس های غشایی در ۵-HTT به وسیله ی نمودار هیدروپاتی کایت و دولیتل مشخص شد. سپس اسیدهای آمینه ی هلیکس های غشایی با استفاده از روشی نوین بر مبنای موقعیت رزیدو ها نسبت به غشای لیپیدی به ۴ دسته (رو به لیپید، رو به لومن، راست و چپ) تقسیم شدند. هم چنین دو مدل سه بعدی از ۵-HTT نیز با استفاده از نرمافزار MODELLER و بر اساس الگو هایی با شباهت ۳۸ و ۶۰ درصد ساخته شد. یافته های پژوهش: با استفاده از روش دسته بندی ابداعی توانستیم نتایج جدید و جالبی در مورد نحوه توزیع رزیدو های مختلف در ساختار انتقال دهنده ی سروتونین انسانی به دست آوریم. به طور مثال، علی رغم آن که اکثر رزیدوهای آب گریز هلیکس ها در دسته ی رو به لیپید قرار دارند، درصد قابل توجهی از آن ها در دسته ی رو به لومن حضور دارند. رزیدو های ایزو لوسین، لوسین، والین، ترئونین، آلانین و فنیل آلانین به ترتیب بیش ترین فراوانی را در دسته ی رو به لیپید دارند. بنا بر این الگوهای سه بعدی جایگیری این رزیدو ها، تعیین کننده بیشتر بر هم کنش های میان لیپید های غشایی و پروتئین و نقش این بر هم کنش ها است. بحث و نتیجه گیری: بر اساس ضرایب همبستگی، ترکیب رزیدو های دسته های رو به لیپید و راست پروتئین بیش ترین شباهت را به یکدیگر دارد. این نکته پیشنهاد می دهد که هلیکس های غشایی احتمالا در تغییر کنفورماسیون ناشی از باز و بسته شدن انتقال دهنده، دستخوش چرخش می شوند. هم چنین مقایسه ی ساختارهای حاصل از کریستالو گرافی با مدلها نشان می دهد استفاده از الگویی با شباهت ۳۸% برای مدل سازی همولوژی پروتئین های انتقال دهنده، هلیکس های غشایی را به نحو نامناسبی مدل می کند. این یافته ها می توانند در درک بهتر ساختار و عملکرد هلیکس های غشایی پروتئین های انتقال دهنده موثر باشند.کلیدواژه ها
Residue-level study, ۵-HTT, Homology modeling, Membrane helices, Membrane transporters, مطالعه در سطح رزیدو, پروتئین انتقال دهنده سروتونین انسانی, مدل سازی همولوژی, پروتئین های انتقال دهنده, هلیکس های غشاییاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.