تجزیه بیوانفورماتیکی پروتئین های حاوی دمین ARID-PHD و بررسی بیان ژن آن تحت تنش شوری در گیاه هالوفیت Aeluropus littoralis
عنوان مقاله: تجزیه بیوانفورماتیکی پروتئین های حاوی دمین ARID-PHD و بررسی بیان ژن آن تحت تنش شوری در گیاه هالوفیت Aeluropus littoralis
شناسه ملی مقاله: JR_JCB-11-29_014
منتشر شده در در سال 1397
شناسه ملی مقاله: JR_JCB-11-29_014
منتشر شده در در سال 1397
مشخصات نویسندگان مقاله:
حمیدرضا قربانی - Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan
حبیب اله سمیع زاده لاهیجی - Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan
قربانعلی نعمت زاده - Genetics and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University
خلاصه مقاله:
حمیدرضا قربانی - Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan
حبیب اله سمیع زاده لاهیجی - Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan
قربانعلی نعمت زاده - Genetics and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University
تنش های غیرزیستی از مهمترین عوامل محدودکننده عملکرد گیاهان زراعی محسوب می شوند. تحلیل داده های زیستی به واسطه علم بیوانفورماتیک، نقش مهمی در بررسی ژنها، ارتباطات و نیز پیشگویی کارکرد آنها در پاسخ به تنش های غیرزیستی دارد. پروتئین های دارای دمین ARID-PHD در گیاهان و جانوران شناسایی شده و نقش بسیار مهمی در تنظیم رشد، چرخه سلولی و بیان ژنهای اختصاصی هر بافت دارند. در این تحقیق، توالی مربوط به ناحیه محافظت شده دمین ARID در پایگاه های اطلاعاتی مختلف همچون NCBI در برابر توالی های ثبت شده برای گیاهان مختلف جستجو و در نتیجه آن ۱۰ پروتئین گیاهی حاوی دمین ARID-PHD یافت شد. گیاهان شامل آرابیدوپسیس، آجیلوپس، براکیپودیوم، سویا، برنج وحشی، برنج ژاپونیکا، ارزن دم روباهی، سورگوم، ذرت و آلوروپوس بود. هم ردیف سازی توالی ها، رسم درخت فیلوژنتیکی، بررسی ویژگی های پروتئینی و الگوی بیان نسبی ژن ARID در گیاه شوریزی آلوروپوس انجام گرفت. نتایج نشان داد که علاوه بر شباهت توالی های اسید آمینه، پروتئین ها نیز به دو گروه گیاهان تک لپه و دو لپه تقسیم شدند. بررسی ساختار و ویژگی پروتئین ها بیانگر درجه حفاظت بالای پروتئین در گیاهان مختلف بود. بررسی میزان بیان ژن در گیاه آلوروپوس نشان داد که حداکثر تعداد رونوشت های ژن در اندام هوایی گیاه بوده و این افزایش معنی دار بعد از ۶ ساعت از اعمال تنش شوری در حداکثر مقدار بوده و تا ۲۴ ساعت بعد از تنش نیز کاهش معنی داری نشان نداد که بیانگر نقش احتمالی این پروتئین در تحمل گیاه به تنش می باشد. در بافت ریشه گیاه، میزان بیان ژن نسبت به تیمار شاهد کاهش یافت. به طور کلی، این مطالعه اولین گزارش در مورد بررسی ویژگی توالی پروتئینی و تغییرات بیان ژن ARID در گیاه هالوفیت آلوروپوس در شرایط تنش بوده و می تواند به عنوان گام ابتدایی در استفاده از این خانواده ژنی به منظور اصلاح و دستورزی گیاهان در جهت تحمل به تنش های غیرزیستی به ویژه شوری باشد.
کلمات کلیدی: Abiotic Stresses, Halophyte, In-silico, Phylogenetic Relation, Protein Structure, غیرزیستی, روابط فیلوژنتیکی, ساختار پروتئین, In silico, هالوفیت
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1284650/