ارزیابی ترانسکریپتوم گیاه جو (Hordeum vulgare L.) در پاسخ به تنش شوری با استفاده از روش RNA-Seq
- سال انتشار: 1400
- محل انتشار: پنجمین کنگره بین المللی توسعه کشاورزی، منابع طبیعی، محیط زیست و گردشگری ایران
- کد COI اختصاصی: ICSDA05_225
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 561
نویسندگان
دکتری بیوتکنولوژی، گروه بهنژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران
دانشیار، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید مدنی آذربایجان، تبریز، ایران
استاد، گروه بهنژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران
چکیده
تنش شوری یکی از مهمترین تنشهای محیطی است که منجر به کاهش رشد و عملکرد گیاهان زراعی میشود. مطالعات مولکولی در گیاهان مختلف نشان میدهد که این مکانیسم شامل شبکه های پیچیده ای از تنظیم بیان ژن است. یکی از غلات مهم زراعی که به عنوان گیاهی متحمل به شوری در بین خانواده گندمیان شناخته میشود، گیاه جو میباشد. مطالعه ترانسکریپتوم ریشه ارقام متحمل (افضل) و حساس (یوسف) در شرایط تنش شوری و بدون تنش در شرایط گلخانهای با استفاده از محلول هوگلند، صورت گرفت. RNA کل استخراج و با استفاده از پلت فرم ایلومینا توالی یابی شد. جهت شناسایی ترانسکریپتهای تغییر بیان یافته از پایپلاین Tuxedo استفاده گردید. نتایج توالییابی نشان داد که پس از تریمینگ اولیه خوانشها، بالای ۲۰ میلیون خوانش ۹۲) درصد) برای تمامی نمونه ها باقی ماند و از این تعداد خوانش، حدود ۸۸ درصد با ژنوم جو هم ردیف شدند. نتایج آنالیزهای بیان ژن با Log FC> ۱/۵ و FDR = ۰/۰۱ نشان داد که پس از اعمال تنش شوری در ژنوتیپ افضل (متحمل) ۲۹۵۳ ژن و در ژنوتیپ یوسف (حساس) ۱۵۵۲ ژن به طور معنیداری تغییر بیان یافتند. همچنین در مقایسه یوسف با افضل در شرایط کنترل ۲۳۶۰ ژن و در تنش شوری ۲۲۰۶ ژن به طور معنیداری دارای تفاوت بیان بودند. آنالیزهای بیوانفورماتیکی نشان داد که ژنهای تغییر بیان یافته در فرآیندهای مختلفی همچون فعالیت آنتیپورتر و ترانسپورتر غشایی، آنتی اکسیدان، طیف وسیعی از آبشارهای کینازی و فسفاتازی، ترارسانی، متابولیک کربوهیدراتها، اسیدهای آمینه و لیپیدها، فرآیندهای اتصال، پاسخ به هورمونهای گیاهی، فعالیت کاتالیتیک و سازماندهی دیواره سلولی نقش دارند.کلیدواژه ها
جو، تنش شوری، RNA-Seq، آنتولوژی ژنمقالات مرتبط جدید
- شناسایی چالش ها و فرصت های متاورس در گردشگری پزشکی
- توسعه گردشگری سلامت ایران با رویکرد جذب بیماران عمانی
- توسعه اکوتوریسم مکران با رویکرد گردشگری ساحلی و گردشگری دریایی
- توسعه گردشگری سلامت استان گلستان با رویکرد اکوتوریسم و طبیعت درمانی
- توسعه گردشگری و اکوتوریسم جزیره بوموسی با رویکرد گردشگری ساحلی و گردشگری دریایی
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.