بررسی همبستگی های دامنه بلند DNA برای ژن های موثر بر تولید شیر گاو
- سال انتشار: 1400
- محل انتشار: فصلنامه پژوهش های علوم دامی، دوره: 31، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_ANIMAL-31-2_003
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 295
نویسندگان
گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی و صنایع غذایی،دانشگاه ازاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران
گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی ،دانشگاه یاسوج
گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی و صنایع غذایی،دانشگاه ازاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران
گروه ریاضی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران
گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی و صنایع غذایی،دانشگاه ازاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران
چکیده
سابقه و هدف: وجود همبستگی های دامنه بلند در ملکول DNA اشاره به وجود فرآیندهای بازآرایی یا مضاعف شدگی DNA دارد. این نوع پدیده ها کاربرد مستقیم در اصلاح نژاد ندارند و بیشتر در بررسی های تکاملی به کار می روند. در این پژوهش فرض شد که با استخراج همبستگی های دامنه بلند DNA بین تمامی نوکلئوتیدهای مختلف درون یک ژن، می توان به درجه ای از ارتباط بین آن ها در وهله اول دست یافت و از اینرو احتمالا پژوهش های متکی به کشف SNP را بهتر می توان جهت دهی کرد. مواد و روش ها: ۲۴ ژن از ژن های موثر بر تولید شیر گاو در این پژوهش انتخاب شدند. توالی ،طول، شماره دست یابی، تعداد و طول هر اگزون و جایگاه آن بر روی کروموزوم از بانک ژنی NCBI دریافت و توالی ها با فرمت FASTA ذخیره شدند. با استفاده از نرم افزاری که قبلا با زبان #C طراحی شده بود با توجه به خواسته پژوهش، شماره دسترسی ژن های مورد بررسی وارد گردید و خروجی مناسب به دست آمد. برای محاسبه همبستگی های دامنه بلند DNA ژن های مورد بررسی، از نرم افزار CorGen استفاده شد. یافته ها: نتایج نشان داد که سطح معنی داری از همبستگی دامنه بلند در توالی DNA ژن هایی مانند EZR, FGG, KRT۶A, RAB۱A, EIF۳L, TBC۱D۲۰, ZNF۴۱۹, S۱۰۰A۱۶, MRPL۳, TPPP۳, PHF۱۰ وجود دارد. توان کاهشی حاصل از برازش تابع قانون توان روی همبستگی های دامنه بلند بدست آمده از ژن ها با طول های متفاوت، در دامنه ۰.۱۴۶و ۰.۶۴۳ قرار داشتند، لذا می توان نتیجه گرفت که کاهش میزان همبستگی های دامنه بلند با افزایش فاصله بین بازه های توالی DNA از روند تصادفی پیروی نمی کنند. بنابراین، هندسه فرکتال طبیعت نیز در این ژن ها دیده می شود. نتیجه گیری: ژن های مورد بررسی پیچیدگی بالا و مقیاس ناوردایی را در DNA خود دارند. همچنین مشخص شد میزان بسامد حاصل از همبستگی های دامنه بلند در ژن ها متفاوت اما نزدیک به هم بود. پیشنهاد می شود این نواحی از نظر وجود عدم تعادل پیوستگی مورد کنکاش بیشتری قرار گیرند.کلیدواژه ها
توان کاهشی, همبستگی های دامنه بلند, گاو شیری, هندسه فراکتالاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.