شناسایی میکرو RNAهای جدید در کلزا (.Brassica napus L) و نقشی که در سرکوب ژن های هدف بهعهده دارند

میکرو RNAها گروهی از RNAهای کوچک غیررمزکننده پروتئین با طول تقریبا ۱۸ تا ۲۴ نوکلئوتید هستند که در تغییرات پس از رونویسی در یوکاریوتها نقش سرکوب کننده mRNA دارند. به عبارت دیگر میکرو RNA بیان ژن را یا از طریق تجزیه یا سرکوب ترجمه mRNA تنظیم می‎. میکرو RNAها به‎طور مستقیم بر فرآیندهای مانند رشد و نمو، ریخت شناسی، زمان گلدهی، سوخت و ساز، متابولیسم اسیدهای چرب، گلیکولیز و پاسخ به تنش های زنده و غیر زنده در گیاهان تاثیرگذار هستند. برای شناسایی میکرو RNAها روش های مختلفی وجود دارد که استفاده از داده های زیستی(بیوانفورماتیک) یکی ازکم‎هزینه‎ترین و ساده‎ترین روش ها می باشد. توالی های miRAN بالغ شناخته‎شده از شمار زیادی گونه جانوری، گیاهی از پایگاه داده miRBase دانلود شد. از توالی‎های miRNA به عنوان توالی شناخته‎شده برای یافتن miRNAهای حفاظت‎شده بر پایه جستجوی همسانی بین miRNAها با GSSهای گیاه کلزا استفاده شد. ابتدا توالی‎های GSS در گیاه کلزا از بانک اطلاعاتی NCBI در برابر miRNAهای شناخته شده BLASTn شدند. برای شناسایی رونوشت‎ها و ژنهای هدف از تشابه مکمل معکوس بین miRNA و رونوشت هدف استفاده شد. در نهایت پنج عدد miRNA بالغ جدید شناسایی شد. ژن های مانند LUC۷L۳ ,UEL۱D ,WSD۱ ,LBD۴۱ ,HST,NST۱ ,CIPK۲۶ و CNOT۱۱ که به چندین خانواده ‎ژنی با عملکردهای بیولوژیکی مختلف تعلق داشتند، شناسایی‎شد. در این تحقیق از سرورها و نرمافزارهای مانند Mfold، miRBase، psRNATarget و GC content استفاده شد.

کلیدواژه ها:

توالی GSS ، روش داده‎های زیستی ، یوکاریوت ، کلزا ، mRNA هدف