lncRNA هایی با بیان ویژه بافتی دخیل در تشخیص و پیش آگهی انواع سرطان ها

lncRNAها نشان دادند که در فرایندهای سلولی نقش دارند. یکی از ویژگی های بارز آنها بیان ویژه و اختصاصی بافتی است. در این مطالعه که تا اکتبر۲۰۲۰ با استفاده از داده های RNAseq موجود در پایگاه TCGA برای ۱۹ سرطان شایع به شناسایی lncRNA هایی پرداخته شد که بیان اختصاصی در هر سرطان دارند و میتوانند کاندیدهای مناسبی برای تشخیص و پیش آگهی در هر سرطان باشند. از این رو داده های RNAseq برای هر ۱۹ سرطان شایع به صورت خام (HTSeq-count) به وسیله زبان برنامه نویسی R دانلود و با پکیج های limma، edgeR و NOIseq پیش پردازش های اولیه و نرمال سازی داده ها انجام گرفت. معیار CPM کمتر از ۰,۵ برای فیلتر ژن هایی که بیان صفر دارند انتخاب شد( (Abbas-Aghababazadeh F et .al,۲۰۱۸ از پایگاه HGNC لیست تمامی lncRNA ها دریافت و با استفاده از آن تمامی lncRNA هایی که در هر سرطان بیان شدند، استخراج شد. شبکه بیان نشان داد که تعداد زیادی lncRNA هستند که بیان اختصاصی فقط در یک سرطان ویژه مانند: سینه، سرو گردن، کلیه، کبد، ریه، پروستات و تیروئید دارند. همچنین تفاوت بیانی هر کدام از آنها نسبت به نمونه های نرمال به طور معنی داری هم کاهشی و هم افزایشی بودند. تعداد زیادی از انها مانندسینه، کلون، کلیه، کبد، ریه قدرت تشخیصی بالایی در تمایز نمونه سرطانی از نرمال داشتند. AUC>۰.۹) و .(P<۰.۰۰۱ همچنین تعدادی از آنها مانند سینه، سرو گردن، کلیه، کبد، ریه، پروستات و تیروئید از نظر میزان بیان با بقای بیماران در ارتباط بودند .(HR>۱,HR<۱,P<۰.۰۰۱) در نتیجه مشخص شد که میتوان از lncRNA ها به عنوان یک بیومارکر تشخیصی و پیش آگهی در جهت شناخت مسیر های اختصاصی و مشترک در سرطان ها استفاده کرد علاوه بر آن می توانند یک هدف درمانی مناسب برای سرطان باشند.

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، زبان برنامه نویسی R ، Prism ، Cytoscape ، RNAغیر کد کننده