مطالعه بیوانفورماتیکی و زیر همسانه سازی یک نوع اندولیزین

شناسایی ترکیبات و مولکولهای ضد باکتریایی جدید، بعنوان جایگزین برای رفع نیازهای پزشکی در درمان عفونت مقاوم به آنتی-بیوتیک، مورد توجه است. از جمله این مولکولها، لیزینها هستند.. N استیل مورامیل - L آلانین آمیدازها که با نام اندولایزین نیز شناخته می شوند، آنزیمهایی هستند که در ژنوم فاژ رمزگذاری شده، و توانایی شکستن پیوند آمید در دیواره پپتیدوگلیکان باکتریایی را دارند. خواص فیزیکوشیمیایی و ساختار ثانویه و فضایی این آنزیم با کمک نرم افزارهای بیوانفورماتیک، مطالعه و در نهایت کیفیت ساختارهای سوم پیشگویی شده به وسیله نرم افزار q-mean با در صد اطمینان ۰/۶ بررسی گردید. درادامه ژن ساخته شده کدکننده N استیل مورامیل - Lآلانین آمیداز فاژ SPP۱ ، در ناقل pET ۲۸a زیر همسانه سازی شد.بعد از تایید همسانه با استفاده از هضم آنزیمی، پروتئین نوترکیب با کمک ۱۰۰mM IPTG القا شد. پروتئین نوترکیب با کمک ستون نیکل با استفاده از شیب ایمیدازول mM ۱۰۰تخلیص گردید. پس از اطمینان از حضور پروتئین برای حذف نمکها و ایمیدازول، آنزیم نوترکیب در بافر PBS دیالیز شد. مطالعات بیوانفورماتیکی مشخص کرد که این پروتئین دارای پی اچ ایزوالکتریک ۹/۶ ، وزن مولکول ۳۰ کیلو دالتون، شاخص آلفاتیک ۸۳/۸۷ و شاخص قطبیت -۰/۴۹ است. ساختار ثانویه این پروتئین شامل % ۳۴/۳۲ مارپیچ آلفا، %۶/۶۴ مربوط به صفحه های بتا، %۲۳ مربوط به رشته های امتداد یافته و % ۳۵ مربوط به مارپیچ های تصادفی است. بعد از مشاهده باند ۳۳ کیلودالتونی در الکترفورز SDS-PAGE ۱۲%، واکنش آنزیمی با آنزیم مورد نظر جهت بررسی رفتار آنزیمی برای اثر ضد باکتریایی اشریشیاکلای و استافیلوکوکوس اورئوس در حال انجام است.

کلیدواژه ها:

اندولایزین ، فاژSPP۱ ، N استیل مورامیل L آلانین آمیداز ، سازه نوترکیب