طراحی، ساخت و بهینه سازی بافر استخراج تک فازی (Threezol) RNA از نمونه های گیاهی

امروزه اهمیت مولکولهای اسید نوکلئیک اعم از DNA و RNA به عنوان نشانگرهای زیستی ایده آل در ردیابی، شناسایی و تشخیص ژنتیکی بر کسی پوشیده نیست. استخراج و خالص سازی بیومولکولهای DNA و RNA به عنوان اولین گام در مطالعات ژنومیکس، ژنومیکس کارکردی و ترانسکریپتومیکس لحاظ میشود. در این تحقیق با توجه به نیاز و تمایل محققین برای استفاده از روشهای سادهتر، سریعتر و کاراتر استخراج اسیدنوکلئیک در داخل کشور، طراحی و ساخت محلول استخراج تکفازی RNA (مبتنی بر فنول) بنام تجاری Threezol (Riragene) در این پژوهش مدنظر قرار گرفت. جهت ارزیابی کیت طراحیشده (Threezol)، استخراج RNA از برگ گونه های مختلف گیاهی شامل گندم (Triticum aestivum L.)، خیار (Cucumis sativus L.)، برنج (Oryza sativa L.)، آلوروپوس (Aeluropus littoralis (Gouan) Parl.)، گوجه فرنگی (Solanum lycopersicum L.)،کنجد (Sesamum indicum L.) و سویا (Glycine max (L.) Merr.) صورت گرفت. کیفیت و کمیت RNA استخراجی با استفاده از ژل آگارز، روش اسپکتروفتومتری و آنالیز کمیت سنجی ژن ۱۸ S rRNA به روش RT-qPCR بررسی شد. نتایج نشان داد با توجه به نسبت باند ۲۸ S به S) ۱۸ S (۲۸ S > ۱۸ و OD ۲۶۰/۲۸۰ بالاتر از ۱/۸، RNA استخراجی نمونه های مختلف گیاهی، از کمیت و کیفیت قابل رقابت با دیگر کیتهای تجاری یعنیTrizol (Invitrogen) و RNAX Plus (Cinaclone) برخوردار بود. بر مبنای آنالیز RT-qPCR ژن ۱۸S rRNA در نمونه های مختلف، Ctکمتر از ۱۸ مشاهده گردید که بیانگر کمیت و کیفیت بالای RNA استخراجی بود. طراحی، ساخت و ارزیابی این کیتها ضمن خودکفایی کشور در تولید این محصول، میتواند نقطه شروعی برای تولید و توسعه کیت های استخراج RNA/DNA از سلولهای جانوری و باکتریایی باشد.

کلیدواژه ها:

اسید نوکلئیک ، کیت استخراج ، Threezol ، RT-qPCR ، ریراژن