ارزیابی بیوانفورماتیکی تاثیر ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی Hyssopus officinalis L. ، Tragopogon graminifolius و Avicennia marina L. در مهار پروتئین های موثر در بروز مقاومت آنتی بیوتیکی در Acinetobacter baumannii
- سال انتشار: 1400
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 13، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-13-2_008
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 180
نویسندگان
مرکز آموزش عالی کشاورزی بردسیر - دانشگاه باهنر کرمان - کرمان
چکیده
هدف: استینوباکتر بومانی باکتری مهمی در ایجاد عفونتهای بیمارستانی میباشد که مقاومت چند دارویی دارد. چندین عامل در مقاوم شدن این باکتریها در برابر داروها نقش دارند که مهمترین آنها پروتئینهای OXA-۲۴ beta-lactamase، OXA-۲۳ beta-lactamase وOUTER MEMBRANE PROTEIN A (OMPA) هستند. در همین راستا هدف از این مطالعه بررسی اثر مهارکنندگی ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی شنگ، زوفا و مانگرو بر این پروتئینهای استینوباکتر در محیط in silico میباشد. مواد و روش ها: در این پژوهش نخست ساختار ترکیبات گیاهی و پروتئینهای مورد بررسی به ترتیب از پایگاههای PubChem و PDB دریافت و سپس خصوصیات فیزیکوشیمیایی ترکیبات گیاهی و همینطور پتانسیل جهشزایی آنها به ترتیب توسط سرور Swiss ADME و نرمافزار Toxtree-v۲.۶.۱۳ پیشبینی شدند. برای انجام داکینگ مولکولی و برهمکنش میان ترکیبات گیاهی و پروتئینهای مورد نظر از محیطهای ViewerLite، Chimera ۱.۱۴، Discovery Studio ، AutoDockTools-۱.۵.۶ و AutoDock Vina استفاده شد. در نهایت، نتایج با استفاده از سه برنامه AutoDockTools ،Visualizer DS و Ligplot مورد آنالیز قرار گرفت. نتایج: پتانسیل جهشزایی و مهار سیتوکرومها نشان دادند ترکیبات مربوط به H. officinalis پتانسیل جهشزایی و سمیت سلولی بالاتری نسبت به دو گیاه دیگر داشتند. علاوه بر این، نتایج نشان داد که ترکیبات گیاهی A. marina جذب گوارشی بالاتری در مقایسه با سایر ترکیبات دارند. بررسی مقایسهای برهمکنشها نشان داد که ترکیبات گیاه H. officinalis و A. marina برهمکنشهای قویتری را با پروتئینهای مورد بررسی انجام میدهند. علاوه بر این مشخص شد قویترین برهمکنشهای رخ داده بین ترکیبات گیاهی و پروتئین ۱BXWمیباشد. از طرف دیگر مشخص شد ترکیبات گیاه T. graminifolius برهمکنشهای ضعیفتری را با پروتئینهای مورد ارزیابی ایجاد میکنند. نتیجه گیری: بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعات داکینگ، در میان تمام ترکیبات مورد ارزیابی در هر سه پروتئین ۱BXW، ۳G۴P و۴K۰X ، بهترین نتایج داکینگ مربوط به ترکیبات cis-pinocamphone و۳,۵-difluorophenyl ester ۲,۶-difluorobenzoic acid به ترتیب از گیاهان زوفا و مانگرو است. در حقیقت این ترکیبات با منفیترین سطح انرژی اتصال (به ترتیب Kcal/mol۹- و ۸/۸-) تمایل بیشتری برای اتصال به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال هر سه پروتئین مورد مطالعه دارد. بنابراین ترکیبات مذکور میتوانند به عنوان نامزدهای بسیار مناسبی برای بررسی آزمایشگاهی و in vivo فعالیت ضد A. baumannii محسوب شوند.کلیدواژه ها
داکینگ ملکولی, بیوانفورماتیک, بتالاکتاماز, گیاهان داروییاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.