شناسایی و بررسی عناصر متحرک (Transposable Elements) در ژنوم شترهای دو کوهانه ایرانی
عنوان مقاله: شناسایی و بررسی عناصر متحرک (Transposable Elements) در ژنوم شترهای دو کوهانه ایرانی
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-12-4_003
منتشر شده در در سال 1399
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-12-4_003
منتشر شده در در سال 1399
مشخصات نویسندگان مقاله:
ناهیده زارع - علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
نعمت هدایت ایوریق - استادیار گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه محقق اردبیلی.
رضا سیدشریفی - دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
رضا خلخالی ایوریق - علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
خلاصه مقاله:
ناهیده زارع - علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
نعمت هدایت ایوریق - استادیار گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه محقق اردبیلی.
رضا سیدشریفی - دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
رضا خلخالی ایوریق - علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
هدف: حدود نیمی از ژنوم انسان توسط توالیهای تکراری پوشش داده شده است. این توالیها در ژنوم پستانداران دیگر نیز دارای سهم بسزایی بوده و از اینرو مطالعه این بخش ازژنوم میتواند اطلاعات ارزشمندی را در زمینه تکامل در اختیار محققین قرار دهد. این تحقیق با هدف توالییابی و گردآوری کل ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی برای شناسایی عناصر متحرک و مطالعه میزان پراکنش آنها در ژنوم این گونه، طراحی و اجرا شد. همچنین نتایج مربوط به شترهای دوکوهانه ایرانی، با شترهای دوکوهانه غیرایرانی و شترهای تک کوهانه مورد مقایسه قرار گرفت. مواد و روشها: در این مطالعه ژنوم ۶ نفر شتر دوکوهانه ایرانی برای شناسایی عناصر متحرک توالییابی شد. توالییابی کل ژنوم شترهای دوکوهانه با استفاده از پلتفرم Illumina HiSeq ۲۰۰۰ و به صورت دو انتها انجام گرفت. برای کنترل کیفیت و پالایش خوانشهای خام از به ترتیب از نرم افزارهای FastQC و Trimmomatic استفاده شد. با استفاده از برنامه CLC Genomics Workbench گردآوری دنوو شترهای دوکوهانه انجام گرفت. جهت شناسایی عناصر متحرک کل ژنوم نیز از روش شناسایی مبتنی بر همولوژی در برنامه RepeatMasker استفاده شد. نتایج: نتایج گردآوری ژنوم های توالی یابی شده نشان داد که اندازه ژنوم در این نمونه ها در محدوده ۹/۱ تا Gb ۹۷/۱ قرار دارد. در پژوهش حاضر، درصد عناصر متحرک در ژنوم شش شتر دوکوهانه مورد مطالعه، به طور میانگین ۸۹/۲۹ از کل ژنوم گزارش شد. در بین عناصر متحرک شناسایی شده، درصد توالیهای LINE برای شترهای دوکوهانه به طور میانگین ۵۸/۱۷ برآورد شد. بطوریکه این توالی ها، بزرگ ترین گروه توالیهای تکراری در شترهای دوکوهانه در مطالعه حاضر بودند. توالیهای تکراری SINE نسبت به LINEها مقدار کمتری داشتند بطوریکه که فقط ۴۵/۳ درصد از کل ژنوم شترهای مورد مطالعه را به خود اختصاص دادند. مطابق با نتایج شترهای تک کوهانه ایرانی، هیچ عنصر Alu در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی نیز شناسایی نشد. نتیجهگیری: کمبود اطلاعات ژنومیکی و زیستی در مورد شترها، یکی از عوامل بازدارنده در پیشبرد اهداف و برنامه های اصلاح نژادی در این گونه به حساب می آید. هرچند این مطالعه به تنهایی کافی نیست اما می تواند گامی برای شروع تولید داده های ژنومیکی برای شترها باشد. ادامه این نوع مطالعات و تجمیع اطلاعات زیستی و ژنومیکی در واقع زمینه را برای شروع اصلاح نژاد نوین در شترهای ایرانی فراهم خواهد کرد.
کلمات کلیدی: توالی تکراری, توالی یابی کل ژنوم, شترهای دو کوهانه ایرانی, عناصر متحرک
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1249048/